从方法论的视角来看，新公共管理的方法论主要存在以下的局限性。
1、“效率至上”的管理方法导致政府公共性的缺失
新公共管理所倡导的民营化、企业化、市场化等一系列以追求效率为目的管理方法，体现了人类寻求良好政府治理的一种努力，在某种程度上也反映了社会及公民对有效政府的期待。
这些主张与方法可以说在理论与实践中极具启发与现实意义，但是对效率这种行政的工具理性价值的过度追求就是一种致命的自负，存在很多缺陷。
新公共管理主张建立市场化改革取向的政府，认为经济与经营中市场化的操作方法和手段可以引入公共部门，以取代“低效”的官僚行政手段而作为资源配置的方式。然而我们知道，市场不但本身具有不可避免的缺陷，而且市场追求高效率的特点在于，将所有活动和人类互动都看作是交易和契约行为。
效率成为衡量一切事物的价值尺度，所有活动都围绕追求高效率、高利润来展开。新公共管理采用的这种效率中心主义的方法，彻底打破了公私部门的界限，使政府施政的基本目标趋向于“三E”：经济、效率与效益，突出强调的是经济价值。
然而，公共行政在本质上是以民主与社会公正为基石的，政府的价值表现为强调追求人民主权、公民权利、人性尊严、公共利益、社会责任等多元价值，而过分强调对效率的追求，使经济价值成为判定社会发展的唯一标准，将使公共行政管理违背公共行政的根本价值和根本目标，最终会动摇公共行政合法性的基础地位。
这是一种典型的工具理性的思维方式，即将效率作为公共行政追求的唯一目标，将公共行政沦为追求效率的工具，以致于使公共行政丧失了作为行政体系本身的“公共”属性。如此一来，则使公共行政的根本价值与根本目的走进误区，进而引发公共行政的价值危机。
因此，公共行政应当承担政府在国家治理过程中的责任和正当性，关注其公共性的本质要求，实现公共行政的多元价值目标，避免公共精神的丧失。
2、结果导向的量化管理方法导致片面性
新公共管理倡导并借鉴了企业的经济管理方法，这种管理方法直接以经济结果和经济指标为目标，以量化的结果为衡量绩效的标准，试图以此来提高公共管理的科学性和有效性。
量化管理方法本身没有错误，问题的关键在于，新公共管理方法把结果取向和量化管理绝对化，把经济价值看成是行政管理的首要价值，将经济指标看作是判定政府行政管理的重要标准，似乎数字化的“量”成了衡量事物优劣的唯一尺度，这在一定程度上忽略了公共行政对人本身及管理环境的重视，忽视了社会公平、正义等价值。
从伦理与责任的角度来说，政府应始终是追求至善、维护公共利益、对人民负责的。然而，一旦作为工具的绩效管理被目的化后，金钱、数字就成为政府组织和政府官员的唯一目标，这样某些行政领导就会为了自己的政治前途，搞政绩工程，试图通过这样的绩效来说明其工作结果的有效。
新公共管理方法推行以结果为导向的定量管理方法，过分重视结果，过度依赖定量的方法，在管理方法上具有一定的片面性，在某种程度上会导致公共责任的缺失，有损社会的公共利益。
扩展资料
综上所述，新公共管理理论方法论作为一种新的理论范式，在公共管理发展的历史进程中，在新公共管理的实践中发挥着双重作用。
一方面，它突破了传统公共行政理论的羁绊，以新自由主义经济学、公共选择理论、交易成本理论和工商企业管理理论等经济理论为其理论基础，以“理性经济人”的个人主义理性思维方法为表征，以市场经济的竞争式管理方法为取向，形成了以结果为取向的绩效目标管理方法、以顾客为取向的回应性管理方法、以外部为取向的战略管理的管理方法体系。
这些管理方法在实践中的运用，拓展了公共管理的研究范围与主题，丰富了公共管理的方法，优化了学科结构，完善了理论基础与实践模式，提高了政府管理的效率，在当代西方公共管理实践中发挥了重要的作用。
另一方面，由于新公共管理理论方法论囿于经济学的理论基础，并以“理性经济人”理念为逻辑起点，以引入市场机制、追求效率为目的，就不可避免地重蹈工具理性的覆辙，将公共行政仅仅作为了实现效率目标的工具，导致政府公共管理的公共性与价值性的缺失，从而招致理论界与实践领域的批判。
尽管如此，新公共管理理论方法论作为一种新的管理范式，在一定的社会发展阶段中，仍然具有它存在的必要性。
新公共管理理论的不足之处有如下：
1、新公共管理理论主张缩小政治阶级的差距、权力下放、赋予下级更大的权力、追求平等，破坏了传统的行政管理人员任职制度。所造成的是管理制度更趋于政治个人化，对其所期待的公平、公正并无作用。
2、私有管理的方法和模式不能运用到公共管理上。新公共管理理论对于市场机制太过于信任，将资源分配交由市场，忽略掉了市场经济发展不成熟的表现，削弱了政府的社会责任感，进而破坏了公民与政府的关系，与实现民主的目标背道而驰。
新公共管理理论的发展方向
新公共管理理论为政府的管理与改革提供了新视角和新方向。总体而言，多方位的思考角度，对于公共行政是十分有益的。然而，我们也应该看到，新公共管理理论在实际的应用中所显现出得不足之处，赞成与批判总是同时存在的。
它的科学性、合理性、可行性等，还有待进一步论证。而对于我国而言，当前正面临着政府体制的改革，在改革过程中借鉴新思想、新理论，固然是好的，但新公共管理理论能否成为我国行政管理的新范式，还不能确定。
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