一般说来，水生植物的根部皮层里，具有较大的细胞间隙，上下连通，形成一个空气的传导系统，更重要的是它们的根表皮是一层半透性的薄膜，可以使溶解在水里的少量氧气透过它而扩散到根里去。在进行渗透作用时，由于薄膜两边的浓度不同，产生了一种渗透压，而水生植物的根表皮的渗透力特别强，所以氧气能够渗透到根里去，使根吸收到一点氧气，再通过较大的细胞间隙，供根充分地呼吸。
有些水生植物，为了适应水中生活的环境，在身体上还有另外一些特殊的构造。例如莲藕，它深深地埋在泥泞的池塘底，空气不易流通，自然呼吸也就会感到困难了，但是我们不必替它担心，藕里有许多大小不等的孔，这种孔与叶柄的孔是相通的，同时在叶内有许多间隙，与叶的气孔相通。因此，深埋在污泥中的藕，能自由地通过叶面呼吸新鲜空气而正常地生活。又如菱角，它的根也是生在水底污泥里，但它的叶柄膨大，形成了很大的气囊，能贮藏大量的空气，供根呼吸。另外，还有槐叶萍等水生植物，它们叶的下面有许多下垂的根，其实，这并不是什么真正的根，而是叶的变态，承担根的作用罢了。