1、需要性原则
医学科研选题需从社会发展的需要出发，尽可能选择在医药卫生保健事业中急需解决或者具有重大意义的课题。如长远需要解决的有基础医学研究和提高生命的质量等，在临床医学上急需解决的有危害人类健康和威胁生命的重大疾病，如心血管疾病和恶性肿瘤等。
2、创新性原则
这是一个很重要的原则，要求所写的论文，不要重复教科书已有的东西，也不要重复写杂志发表过多次的内容，在科学的基础上得出别人没有发现的新的结论或观点。在选题过程中如何判断是否具有创新点?最重要的是纵向对比，即和以往的观点、结论比，是否有疑点或难点，抓住疑点难点做文章，尝试解决;横向比较，寻觅结合部，是否为学科与学科交叉部，是否为别人未涉足或空白区。
3、科学性原则
要求选题必须符合科学原理和客观实际，必须有科学理论为依托，有客观事实为依据。既要尊重事实、尊重科学理论，又要不迷信权威、不受传统观念束缚。如果违反科学原理和客观规律，就没有科学性可言。那么，如何判断选题的科学性呢?一是和已有的基本原理作对照，是否符合;二是对当前的观点提出异议，是否有足够的证据支持;三是能否得到检验。
4、可行性原则
要考虑到完成该课题所具备的各项条件和因素，要根据实际情况安排切实可行的课题。这就需要研究者们考虑到，申请者除技术职称符合规定外，还需具备一定的研究经验和能力;需具备一支知识与技术结构合理的队伍;申请的研究课题需有一定的前期工作积累;具备完成课题的客观条件(研究手段、动物供应、临床案例等)。
5、实用性原则
申请课题应着眼于获得一项或某种具有实用价值的新产品、新技术，得到的研究结果确实能够治疗某种疾病或者改善某一非健康状态。
6、其他原则
除了上述原则以外，还要遵守医学论文选题上的一般原则:
①要使题目尽可能具体而明确，不琐碎、不孤立。
②要扬长避短，力求与自己研究的专业对口，充分发挥自己的特长。
③要选择有发展前途的课题，如新学科、新理论的研究。