北京大学医学部和北京大学的区别如下：
1、北京大学包含北京大学医学部。北京大学医学部为北京大学六大学部之一，但其他学部为虚设，医学部具有实体的行政体系。通常说的北大，特指北京大学校本部（燕园校区）。
2、按照官方说法，北大、北医同根同源。但是毕竟经历了大半个世纪的独立运营，都有很高的知名度。整个北医系统，包括医院实力、声望和校友资源都达到了极高的影响力，因而在与北大合并的时候底气十足。
经过各种博弈妥协，最终以医学部的形式与本部合并，保留了医学部行政体系的独立，因而合并前与合并后平滑过渡。
3、招生：除了2000年合并首年外，其他年份医学部和本部采用两套招生代码。
北京大学医学部简介：
北京大学医学部，前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府教育部依靠中国自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立学校。2000年4月3日，原北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。
2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部。北医集教学、科研、医疗为一体，以本科教育、研究生教育为主，学科覆盖基础医学、临床医学、口腔医学、药学、预防医学、护理学等六大门类，专业齐全。
基础医学口腔医学专业实行八年制，临床医学专业分为五年制和八年制两种。北京大学医学部是国家“211工程”和“985工程”首批建设的高等学校，是中国最重要的医学创新研究基地和高级医药卫生人才的培养基地之一。
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