居民健康档案的建立遵循国家统一的编码体系，这种编码制度采用17位编码方式，确保了每个档案与个人身份证号的关联，从而实现了信息平台上的资源共享。这种编码结构设计严谨，便于管理与识别。
编码的第一部分由6位数字组成，它代表着具体的行政区划，这部分依据的是《中华人民共和国行政区划代码》(GB2260)，确保了区域信息的一致性和准确性。
接下来的3位数字则用于表示乡镇(街道)级别的行政区划，这部分遵循的是国家标准《县以下行政区划代码编码规则》(GB/T10114-2003)，进一步细化了地理位置信息。
再者，编码的第三部分为3位数字，用于区分村(居)民委员会等不同类型的社区组织。具体来说，001-099代表居委会，101-199代表村委会，而901-999则代表其他类型的社区机构。
最后的5位数字用于标识居民个人，由负责建立档案的机构按照建档的顺序进行编制，这样每个居民都有了独特的个人序号。
健康档案，指居民身心健康（正常的健康状况、亚健康的疾病预防健康保护促进、非健康的疾病治疗等）过程的规范、科学记录。是以居民个人健康为核心、贯穿整个生命过程、涵盖各种健康相关因素、实现信息多渠道动态收集、满足居民自身需要和健康管理的信息资源。以问题为导向的健康档案记录方式（problem oriented medical record ,POMR）是1968年由美国的Weed等首先提出来的，要求医生在医疗服务中采用以个体健康问题为导向的记录方式。目前已成为世界上许多国家和地区建立居民健康档案的基本方法。