交通运输部直属的高等院校只有大连海事大学。交通部共建的8所高校有：武汉理工大学、长安大学、上海海事大学、长沙理工大学、重庆交通大学、山东交通学院、集美大学、南通大学。
1、上海海事大学
学校前身为创建于1909年7月的晚清邮传部上海高等实业学院船政科，为中国高等航海教育发轫地，历经邮传部高等商船学堂、交通部吴淞商船专科学校、重庆商船专科学校，
学校原为交通运输部直属高校，2000年，划归上海市管理。
2、重庆交通大学
重庆交通大学创办于1951年，是一所具有“学士—硕士—博士”多层次人才培养体系，交通运输部与重庆市部市共建，交通特色与优势明显，以工为主，工、管、理、经、文、艺、法等学科协调发展的教学研究型大学。
3、武汉理工大学
武汉理工大学是中华人民共和国教育部直属的理工类全国重点大学，国家首批“211工程”、“特色985工程”重点建设高校，是“111计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“海外高层次人才引进计划”、“国家建设高水平大学公派研究生项目”等重点建设的中国高水平研究型大学，由国家教育部、交通运输部、国家海洋局共建。
4、长沙理工大学
长沙理工大学是湖南省人民政府和交通运输部共建的省属重点高校，教育部“卓越工程师教育培训计划”高校和中西部高校基础能力建设工程高校，“绿色交通联”六所高校之一，电力企业、电力行业“特高压奖学金”院校之一，教育部本科教学工作水平评估优秀高校，教育部毕业生就业典型经验高校。学校具有博士后科研流动站、博士学位授予权和硕士生推免权。
5、长安大学
长安大学是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，由教育部和交通运输部、国土资源部、住房和城乡建设部、陕西省人民政府“四部一省”共建，是国家首批“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“111计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目”和“卓越工程师教育培养计划”重点建设高校。