当员工对公司的运营产生负面影响并导致损失时，赔偿问题的处理取决于法律规定和具体情况。首先，如果公司缺乏明确的规章制度来界定重大损失，员工的解雇与否可能由劳动仲裁机构根据实际情况进行裁决。其次，关于工资问题，尽管存在损失，但员工仍有权获得应得的工资，且在某些情况下，他们可能有权要求延期支付的赔偿作为额外补偿。
关键在于损失的认定。这需要提供充足的证据，并交由劳动仲裁机构进行评估。如果确认确实存在损失，仲裁会根据相关法律和证据来确定具体的赔偿金额。值得注意的是，赔偿与工资是两个不同的概念，应分别计算和支付。因此，员工不仅应关注工资的支付，同时也要了解可能的赔偿部分。总的来说，处理此类问题时，法律程序和证据的举证至关重要，以确保权益得到公正对待。
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