北京二本大学设有17所，有:北京城市学院、首都师范大学、首都医科大学、北京中医药大学、首都经济贸易大学、北京工商大学、北京建筑大学、北方工业大学.北京较好的二本大学有:北京城市学院，省份排名第1名；首都师范大学，省份排名第19名；首都医科大学，身份排名第21名；北京中医药大学，省份排名第22名等.
北京城市学院是经国家教育部批准成立的一所综合性普通高校，具有颁发国家承认的研究生、本科学历学位资格，并举办中职、高职专科教育。
北京城市学院创建于1984年，是新中国第一所实行公有民办体制的新型高校，以务实、创新而著称，被誉为中国高等教育改革的一面旗帜。建校以来，学校始终恪守为民办学的公益性宗旨，坚持以市场为导向，以应用型、实用性为特色，以服务区域发展为目标，走“本科立校，依法治校，优质强校，特色兴校”的发展道路；学校实施“适合教育、全人教育、有效教育、实用教育”的育人理念，全力创建高水平大学，全心造就高素质人才。
首都师范大学建于1954年，办学历史可追溯至1905年成立的通州师范，是国家“双一流”建设高校、北京市与教育部“省部共建”高校。学校现有学科专业涵盖文、理、工、管、法、教育、外语、艺术等，六十多年来已培养各类高级专门人才二十余万名，是北京市人才培养的重要基地
首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，是北京市政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校。已故著名泌尿外科专家、两院院士、全国人大常委会副委员长吴阶平教授为首任校长。现任党委书记为呼文亮研究员，校长为我国著名分子神经生物学家饶毅教授。
学校校本部设有11个学院、1个研究中心，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学院、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心。
学校现有22所临床医学院（其中20所为附属医院），包括首都医科大学宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属北京积水潭医院（第七临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、首都医科大学三博脑科医院（第十一临床医学院）、附属北京地坛医院（第十二临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）、附属北京康复医院（北京康复医学院）、附属北京潞河医院（潞河临床医学院）、中国康复研究中心（康复医学院）、中日友好医院（中日友好临床医学院），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有39个临床专科学院、专科学系，39个临床诊疗与研究中心。