在会计处理中，合并商誉是一个关键概念，主要涉及1995年财政部颁布的《合并会计报表暂行规定》。根据该规定，当母公司对子公司进行权益性资本投资时，产生的商誉（正负值）会作为合并价差的一部分，计算方法为购买子公司成本减去子公司净资产公允价值与母公司股权比率的乘积。合并价差则被视为长期投资的调整项目，通常在合并资产负债表的“长期投资”项目下单独列示。
《企业会计准则—投资》对股权投资差额的摊销期限有所规范。对于有投资期限的，按期摊销；无期限的，差额一般不超过10年（含10年）进行摊销。作者建议，鉴于合并商誉与合并价差的紧密关系，应遵循类似原则，商誉通常以不超过10年期限进行摊销，负商誉则按不低于10年期限摊销。
具体到1996年财政部的具体会计准则（征求意见稿），商誉的确认和摊销有明确说明。当购买成本超过子公司可辨认资产和负债公允价值中股权份额的部分，被视为商誉。商誉通常采用直线法在10年内摊销，计入费用。在合并价差的处理上，有人建议将其视为商誉的一部分，这可能涉及合并报表抵销分录的调整。
然而，合并价差与合并商誉是有区别的。合并商誉特指股权投资成本超出子公司净资产的部分，不包括子公司的账面价值与净资产之间的差额。而合并价差涵盖更广泛，包括投资成本与净资产、净资产与账面价值之间的全部差额。
合并商誉，也叫购入商誉或购买商誉，是指企业在合并过程中，预期被购并企业因其存在的优越条件使其在未来时期获利能力超过可辨认资产正常获利能力的资本化价值。在企业合并中，合并报表中要反映合并商誉，而对于如何处理合并商誉，各国会计界在理论上有不同的理解，在实务上也存在着很大的区别。合并会计被誉为财务会计的四大难题之一，其中合并商誉及其会计处理问题又是其中的难点和热点。