奥迪A6L采用分区空调，可以在中控空调面板以及MMI显示屏中进行设置。当车辆在阳光下晒得很热时，可以使用空调系统迅速降低车内温度。空调系统也可以以ECON模式运行从而节省燃油。
奥迪A6L空调系统界面如下所示：
1.驾驶员座椅加热
2.驾驶员座椅通风
3.驾驶侧冷暖风切换/温度调节旋钮
4.AUTO空调模式
5.前挡风玻璃除霜
6.空调分区控制开关
7.压缩机开关
8.鼓风机开关
9.关闭空调
10.出风模式选择
11.内外循环切换开关
12.后挡风玻璃除霜
13.副驾驶侧冷暖风切换/温度调节旋钮
14.副驾驶座椅加热
15.副驾驶座椅通风
奥迪A6L空调系统在自动模式下会保持在所设定的温度。出风温度、鼓风机风量和气流分配都会自动改变无需手动调整。因此，在自动模式下可以随时为乘客提供最舒适的车内环境。即使在春秋季节气候适宜的情况下，空调系统也能保持车内的空气清洁。