海伦市质量技术监督局内部机构设有六个主要股室，分别承担不同的职能:
1. 办公室
主任：黄献韬
职责包括负责局机关的文秘、档案、信访工作，组织重要会议，督察督办重要文件和会议决定，制定工作制度和起草文件，干部队伍建设及人事管理，包括考核、考评、奖惩等，负责机构编制和专业技术职务资格审查，财务管理、基本建设和国有资产管理，以及综合计划、统计和行政事务管理。
2. 综合监督管理股
股长：李显明（副主任科员）
主要工作涉及质量法规的贯彻、名牌产品评价、工业产品许可证审查、计量管理和监督，培训计量人员，调解仲裁检定，以及工业产品生产许可证的申报。
3. 食品生产监管股
股长：孙革（副主任科员）
负责食品质量安全监管、市场准入和强制检验，食品生产许可证的初审和监管，以及对食品企业的日常巡查和指导。
4. 政策法规宣传教育股
股长：孙革（兼）
职责包括法律法规宣贯、合法性审核、行政执法监督、案件审理、普法教育和行政执法人员培训等。
5. 特种设备安全监察股
股长：邓怀伟
负责锅、容、管、特的安全法规宣传和监督，对特种设备各环节进行检查，处理相关事故。
6. 农业标准化股
股长：潘国彬
负责农业标准的制定和实施，参与农业地方标准修订，建设和指导农业标准化示范园区，以及农产品质量认证和培训。
此外，还有三个下属机构:
1. 计量检定测试所
所长：狄艳华
主要任务是建立社会公用计量标准，进行量值传递，保证计量单位的统一和数据准确性。
2. 产品质量监督检验所
所长：朱海涛
负责产品质量的日常监督、委托检验和仲裁检测，涵盖农用化肥、食品和建筑材料等。
3. 特种设备检验所
所长：范宏斌
对特种设备进行安全性能检验和技术咨询，负责全市锅炉水质检测。