16S rRNA具有多项功能。
1.对于核糖体蛋白的固定起到脚手架的作用。
2.3'末端包含反向的SD序列，用来与mRNA的AUG起始密码子结合。16S rRNA的3'端与S1、S21的结合被发现与蛋白质合成的开始有关系。
3.与23S进行交互，帮助两个核糖体子单元的结合。（50S+30S）
4.在A site 稳定密码子与反密码子的正确配对。
不能编码蛋白质因为：
16S RNA 即 16S ribosomal RNA，是原核核糖体30S小亚基的组成部分。16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。
它本身是核糖体的一部分，不具有编码蛋白质的能力。
16s rRNA具有高度的保守性和特异性以及该基因序列足够长（包含约50个功能域）。随着PCR技术的出现及核酸研究技术的不断完善，16s rRNA基因检测技术已成为病原菌检测和鉴定的一种强有力工具。
参考资料：《细胞生物学》核糖体部分