护照及港澳通行证是可以一起办理的，并且没有任何影响，只需要多准备一份复印件，并且告知窗口工作人员办理需求就可以了。
办理流程：
1、申请人制证照片采集、指纹采集、申请材料提交、面见核查、证件缴费5个环节集中在同一时间、同一场所一次全部申办完成。
2、在出入境接待窗口配备“自助填表”设备，同一申请人同时申请护照、往来港澳通行证及签注、往来台湾通行证及签注等多本证件的，只需填写一张申请表，不必重复提交申请材料；一人申请多本出入境证件的，实施同步受理、同步制作、同步邮递、同步取证。同时，还提供自助打印申请表服务，将在全国逐步推出“网上填表”、“移动端填表”等以信息化手段为依托的填表服务。
可网上预约：
申请人可以利用“互联网+”平台，开展网上提前预约服务。申请人可以根据个人的实际情况，精准预约适合自己的办证时间和办证地点，合理安排个人时间，按照预定的时间到达出入境接待窗口提交申请，既减少在出入境接待窗口排队等候时间，也缓解窗口接待压力。
参考资料
新华网.新华网[引用时间2018-5-6]
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