第一，地方财政体制弊端扭曲了政府治理机制对乡镇政府的工作激励。从政府职能上讲，乡镇政府是直接服务于乡村并依法对乡村直接实施管制的一级政权组织。现阶段乡镇政府所承担的事权十分繁杂，大体上可区分为经济管理事权和社会管理事权。根据事权和财权相统一的原则，既然乡镇政府承担了如此众多的事权，也理应拥有与之相适应的财权。然而在我国地方财政级次中，乡镇级财政是最为薄弱的一级财政。1994年的财政分权改革并没有为地方政府建立起独立的地方税体系，目前地方各级政府都没有构成自己财力基础的特色税种，而是共享相同、有限的地方税源。在这种情况下，上级政府必然首先考虑本级政府的财政利益，往往会利用其所拥有的体制决策权制定出按行政隶属或行业进行分税的财力分配模式以便自己能够占有大税种和大税源，同时也不愿意通过转移支付的形式向下级政府让渡自己的财力，结果导致地方财政的财力层层向上集中，使乡镇政府的事权和财权极不对称。事权和财权的不对称刺激乡镇政府巧立名目乱收费、乱集资和乱摊派，以摆脱财政困境。显然，不同于税，费的种类和规模在很大程度上取决于乡镇政府的敛财意图，其随意性很强，而且费收到政府手中之后，其用途很难得到外界的监督和控制。这样，一旦乡镇政府的“乱收费”行为在客观上具有合理性并被冠以政府的名义，不仅会抑制农户的正当经营活动，从而降低农户生产性投入，而且会使乡镇政府治理机制滋生许多制度漏洞，进而导致官员个人收益控制权膨胀，最终扭曲对乡镇政府的激励。这表现在，一方面乡镇政府财政陷入困境，农村社区公共产品的供给严重不足，另一方面乡镇政府的机构却有增无减，而且经常在缺乏严密的市场调研和可行性论证的情况下，便通过“乱收费”大搞社会效益很差的“政绩工程”。
第二，地方财政体制弊端扭曲了政府治理机制对县级政府的工作激励。同乡镇政府一样，县级政府也是直接为农村居民提供公共服务的基层政权。所不同的是，县级政府需要在更大的范围内实施其政府职能。尽管承担了如此众多的事权，但由于其在地方财政级次中处于底层，在财力分配上处于不利地位，所以县级政府财力也十分薄弱。县级政府所承担的事权与其可支配财力的高度不对称不仅直接导致我国县级行政区内大型公共产品供给严重不足，而且还从以下两方面扭曲了对县级政府的激励：（1）县级政府在实施社会性规制时通过滥用行政权力对企业进行各种形式的收费、罚款和摊派，以补足其履行事权所需的财力。政府滥用行政权力一方面会给企业经营带来额外的成本，从而削弱企业的市场竞争力。另一方面还会给某些地方官员的抽租行为打开方便之门，即他们能够非常方便地利用手中的行政规制权力提出某些不利于企业的行政决策作为威胁，迫使企业向之行贿。抽租行为的直接后果是诱导许多人把努力方向转移到抽租或寻租领域，最终不仅导致公共部门运行效率降低，而且造成私人部门生产性资源投入的减少。（2）县级政府为了获得更多的财源或者直接介入竞争性产品生产领域，或者在对企业经营的整体风险状况没有把握的情况下便贸然以财政信用的方式支持地方企业的发展。政府介入竞争性产品生产领域显然违背了公共财政原则，会导致社会经济资源的低效配置和浪费，而盲目对地方企业投入财政信用资金会导致政府或有负债增加，进而可能使其财政状况进一步恶化。
第三，地方财政体制弊端扭曲了政府治理机制对地市级政府的工作激励。在地方政府体制中，地市级政府管辖的范围既包括中心城市，又包括下属各县。相应地，其政府职能应主要体现在促进城市经济和县域经济协调发展，以实现城乡一体化。由于在地方财政级次的位置仅次于省级政府，所以地市级政府具有较大的财权，能够将一些好的税种和税源集中到本级政府，从而能够在地方财政体制所安排的财力分配模式下获取较多的财政收入。从政府管理的角度讲，充足的财力应该有利于地市级政府在整个辖区内调控经济运行，从而更好的完成其职能。然而，事实却恰恰相反，绝大多数地市级政府通过财力分配权将资金集中后，更多地用于支持中心城市的发展，而不是促进县域经济的发展，结果反而加大城乡之间的分割和矛盾。之所以会产生这种激励扭曲，是因为地方财政体制中对地市级政府事权的界定与地市级政府官员的利益目标具有不相容性。具体讲，尽管从资金使用的边际社会效益上看，在县域经济发展中增加一单位资金所创造的社会收益可能远远高于在城市经济发展中投入一单位资金所增加的社会效益，但是从地市级政府官员的利益角度看，投资于县域所带来的个人效用要低于投资于城市所增加的个人效用，因为在城市建立的政绩往往容易被观察到，而在县域建立的政绩不易被观察到。这样，地市级政府在财政预算决策中往往是重“市”轻“县”，以追求最优的政绩效应。
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