楼主你好。
日语中同词异音，同假名异音的情况有很多。其中实际产生假名写法变化的，目前就我所知有连浊和转韵两种情况。楼主你给出的两个例子都是连浊，所以我先解释一下这个。
连浊（れんだく），Sequential Voicing，简称SV，是日语构词时声音发生变化的一个现象。
简单地说，连浊就是在>>>复合语中后面的语素<<<的第一个音素从清音变成浊音（通常也就是加浊点）的现象。
连浊的规律如下：
一，连浊只发生在开头的音素为t, k, s, h（即ta行,ka行,ha行,sa行）的假名上。
其变化如下：/t/ -> /d/ /k/ -> /g/ /s/ -> /z/ /h/ -> /b/
假名的写法是：
1，规律发音的假名直接变为对应行的浊音假名。
2，sa行和ha行的不规律发音的し，す，ひ，ふ的也变成对应的浊音假名じ，ず，び，ぶ。
3，ta行>>>注意<<<的连浊多写为za行的じ，ず。也有因为历史原因和特定接续写为ぢ，づ的。如日语阴历的各月份名中的“月”这个汉字均为“つき->づき”。
二，语种限制：
连浊一般只发生在和语（わご，即日本本土的日语，与“汉语”（かんご）“外来语”（がいらいご）相对）上。也就是说汉字全部都是音读的词，片假名标记的词，不产生连浊。
这一规则的例外有三种：
1，常用的汉字词：
你给出的“株式会社”这一词就是一个“汉语”连浊的例子。其他场合“会社”这一和制汉语连浊的情况也屡屡出现，如“贸易会社”（ぼうえきがいしゃ）。
此外还有“夫妇喧哗”（ふうふげんか，小两口吵架的意思）等其他词语。
2，早期的葡萄牙语，荷兰语源的外来语如：
雨合羽（あまがっぱ＝あめ＋カッパ）是雨衣的意思。
伊吕波歌留多（いろはがるた＝いろは＋カルタ）是伊吕波骨牌的意思。
カルタ一词的汉字也写作“骨牌”，和英文中card一词意思相同。
3，单字音读汉语动词，例如：
存ずる（ぞんずる）
三，莱曼法则：
如果一个语素中已经有浊音了，不产生连浊。这一规律是美国的一个叫莱曼（Layman，日语写作来曼或假名ライマン）的矿山学者发现的，故称“莱曼法则”。
此外，如果前部语素是浊音，则不产生连浊，如：
中岛（なかじま）＝なか＋しま
长岛（ながしま）＝なが＋しま
这一规则非常泛用，少量的例外基本都不是常用词，除了人名使用的“任三郎（にんざぶろう）”等。
四，语素的结合的问题：
如果有两个以上语素构成一个词，只有和前面的语素结合的语素才会产生连浊。例如：
尾白鹫（オジロワシ）＝（お＋しろ）＋わし，是尾部白色的鹫的意思，这里发生连浊。
而
纹白蝶（モンシロチョウ）＝もん＋（しろ＋ちょう）不发生连浊。
这是因为这不是白色斑纹的蝴蝶，而是“有斑纹的白色蝴蝶”。实际上这种蝴蝶的斑纹是黑的。
五，文意的问题：
语素之间是并列关系（而不是前面说的修饰等关系）的时候，不产生连浊。例如：
草木（”くさ”和”き”的并列，故读くさき）
根据是否发生连浊，语意也产生变化，例如「山川」一词：
读做“やまかわ”的时候是山和川，等于中文的“山川”的意思。
读做“やまがわ”的时候是山上流下的河川，像“山泉”这样的意思。
六，固有名词：
固有名词取决于起名者的喜好可以爱怎么读怎么读，如日文姓氏「大岛」有读成「おおしま」也有读成「おおじま」的。这类词语只能现查。
唇音退化（しんおんたいか）：
ha行的假名在上古时期（万叶集就是这个时期的）是发现今pa行假名的音的，从语言学的角度上来说b，p两者是清浊音关系（汉语拼音有一行是bpmf记得吧，因为这些都是唇音，而咽喉发声的h则在gkh的那一行），所以ha行假名在连浊时变成ba行。
转韵（てんいん）：
和连浊一样，转韵也是在语素结合的时候产生的，和上古日语的语音有关。时不时和连浊同时产生，也导致了日语的深奥/难读（苦笑）。
转韵虽然在现代日语中也时常出现，但是对于其产生的原因和称呼方式还有争论，而且涉及到复杂的语音知识，我在这里简单地给总结一些常见例子，希望你明白这些并不是写错了，而是确确实实的语音现象。
一，e段转至a段：
稲妻（いなずま）＝いね＋つま
天の川（あまのがわ）＝あめ＋かわ 银河的意思。
雨合羽（あまがっぱ）＝あめ＋カッパ
船乗り（ふなのり）＝ふね＋のり 船员，水手的意思。
居酒屋（いざかや）＝い＋さけ＋や
上着（うわぎ）＝うゑ＋き
最后一个比较特殊，让我解释一下。ゑ是古日语的假名用法，是wa行的e段假名，曾经读we的音，但是现在已经和え发音相同了。没有写成现在的「うえ」因为必须这么写才能明白这是转韵（变成了wa行的a段嘛）。
二，i段转至o段：
木の実（このみ）＝き＋の＋み 树上的果实。
蛍（ほたる）＝ひ（火）＋たる（樽）萤火虫的意思。
三，其他的说法不太具有代表性，不在此列举了。值得注意的是同样的字往往出现转韵的现象不止一处，比如雨读做あま的时候还有「雨乞い」（あまごい）等，读的时候请注意。
我认为，连浊是日语的语音现象中最具有代表性的。日语中其他的音变现象也存在（如同化），但是已经超出了我想讨论的范围，而且不一定产生假名变化，所以不在此赘述。
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