1976年入盟的马刺队是NBA的“插班生”，在90年代由于两位状元秀大卫-罗宾逊（David Robinson）和蒂姆-邓肯（Tim Duncan）的先后加盟，使球队实力得到了两次质的飞跃，以他们为核心的“双塔战术”造就了一支独特且强大的内线，这也为球队带来了1999年度NBA总冠军。
历史上，在“冰人”乔治-格文（George Gervin）的率领下，马刺队以其出色的进攻力逐渐成为NBA的一支劲旅，并于82年和83年两次闯入西部决赛，但两次都败给了由“魔术师”约翰逊（Magic Johnson）领衔的洛杉矶湖人队。随着乔治-格文状态的下滑，马刺队也陷入了低谷，之后的六个赛季常常是在季后赛第一轮即被横扫出局，89年甚至沦落到21胜61负的球队最差战绩。
焦急的马刺队经过两年漫长的等待，终于盼到了87年选中的状元秀“海军上将”大卫-罗宾逊从海军服役归来。同时著名教练拉里-布朗（Larry Brown）和探花秀西恩-埃利奥特（Sean Elliott）也来了。1990赛季球队即获得了56胜26负的惊人大翻身，创造了只用一个赛季就将常规赛获胜场次提升了35场的NBA纪录，球队也连续两年位列中西区头名，新人王罗宾逊当之无愧地进入西部全明星阵容。这位超级中锋7次入选NBA最佳阵容和最佳防守阵容，10次入选全明星阵容，并成为NBA历史上50位巨星之一。
1994年，“大虫”罗德曼（Dennis Rodman）加盟马刺队，他的强力篮板支持使球队真正具备了问鼎总冠军的实力。次年，马刺队以62胜20负的常规赛战绩笑傲江湖，“海军上将”荣膺得分王和常规赛MVP，遗憾的是在西部决赛中败给了当年的总冠军火箭队。马刺队自89年以来连续七年平均67%的常规赛高胜率令任何一支球队侧目。
由于伤病原因，1997年球队成绩跳水，仅20胜62负。但历史在马刺队重现，球队又得到了一位状元秀“石塔”蒂姆-邓肯，并迎来著名教练格雷格-波波维奇（Gregg Popovich）。同当年罗宾逊的新秀赛季一样，邓肯的出色发挥使球队实力迅速提升，两人的默契配合也使“双塔战术”威震全联盟，成为NBA最具实力的内线组合。1999年NBA因劳资纠纷一度停摆，常规赛也由82场缩水为50场，“双塔”带领马刺队以37胜13负的成绩进入季后赛。在西部决赛4：0狂扫湖人队后，又以4：1在总决赛中战胜尼克斯队，捧得球队历史上第一座总冠军奖杯，邓肯成为了总决赛MVP。
历史的轮回并没有结束，马刺队同90年代初一样，虽然在之后的几个赛季总保持着常规赛高胜率，但又陷入了季后赛疲软的怪圈。尤其是近两年，马刺队均取得常规赛58胜24负的骄人战绩，主场上座率连创球队新高。但又是强大的湖人队两度在季后赛粉碎了马刺队的夺冠希望。在这期间，邓肯日渐成熟，以每场25.5分、12.7个篮板、3.7次助攻、2.48次盖帽的全面表现当选2002年MVP。他5年来5次入选最佳阵容，4次入选最佳防守阵容，并刷新了NBA两双场次的纪录。
总得分最多球员：大卫·罗宾逊，他在马刺的总得分为20790分
单场得分最高球员：大卫·罗宾逊，他在1994年4月25日对快船的比赛中砍下71分
获胜最大分差：49分，这场比赛发生在1995年11月9日，马刺主场111比62战胜灰熊
失利最大分差：46分，这场比赛发生在1989年4月16日，马刺客场91比137不敌太阳
球队单场得分最高纪录：171分，这场比赛发生在1982年3月7日，在对雄鹿的比赛中，马刺全场经过3个加时得到171分
球队单场失分最高纪录：166分，这场比赛发生在1982年3月7日，在对雄鹿的比赛中，马刺全场经过3个加时被对手得到166分
球队半场得分最高纪录：91分，这场比赛发生在1984年1月12日，在对掘金的比赛中，马刺在下半场得到91分
球队半场失分最高纪录：90分，这场比赛发生在1990年11月8日，在对掘金的比赛中，马刺在上半场被对手得到90分
球队单节得分最高纪录：53分，这场比赛发生在1984年1月12日，在对掘金的比赛中，马刺在第四节得到53分
球队单节失分最高纪录：49分，这场比赛发生在1990年11月26日，在对开拓者的比赛中，马刺在第一节被对手得到49分
最长连胜纪录：17连胜，1996年3月1日到1996年4月1日，马刺创纪录地获得了17连胜，直到1996年4月3日他们客场104比111不敌太阳后，才终止了连胜的脚步
最长连败纪录：13连败，1989年2月5日到1989年3月3日，马刺苦吞13连败，直到1989年3月5日，马刺在主场106比89战胜掘金，才终止了连败的颓势。
NBA总冠军记录：4次（1998-1999，2002-2003，2004-2005，2006-2007）
冠军成员：
1998-1999：蒂姆·邓肯，大卫·罗宾逊，西恩·埃利奥特，艾弗里·约翰逊，马里奥·埃利，贾伦·杰克逊，马里克·罗斯，安东尼奥·丹尼尔斯，斯蒂夫·科尔，杰罗姆·科尔西，威尔·普度，杰拉德·金，安德鲁·加泽，布兰登·威廉姆斯
2002-2003：蒂姆·邓肯，托尼·帕克，斯蒂芬·杰克逊，马里克·罗斯，布鲁斯·鲍文，大卫·罗宾逊，曼努·吉诺比利，斯蒂夫·科尔，斯蒂夫·史密斯，凯文·威利斯，斯蒂皮·克拉克斯顿，丹尼·费里，德文·布朗，安东尼·古德韦尔，蒙克·巴特尔
2004-2005：蒂姆·邓肯，托尼·帕克，曼努·吉诺比利，布鲁斯·鲍文，布伦特·巴里，德文·布朗，毕劳·尤杜里，罗伯特·霍里，拉莎·内斯特洛维奇，马里克·罗斯，托尼·马森伯格，纳扎·莫罕莫德，格伦·罗宾逊，迈克·威尔克斯，西恩·马克斯，迪昂·格洛尔，林顿·约翰逊
2006-2007：蒂姆·邓肯，托尼·帕克，曼努·吉诺比利，迈克尔·芬利，布鲁斯·鲍文，布伦特·巴里，弗朗西斯科·艾尔森，法布里奥·奥博托，毕劳·尤杜里，马特·邦纳，罗伯特·霍里，雅克·沃恩，詹姆斯·怀特，埃里克·威廉姆斯，杰基·巴特勒，马尔文·伊莱
历任教练：
汤姆·尼萨尔科（1973-1974），执教期间62胜49负，胜率55.9%
鲍伯·巴斯（1974-1976，1980-1980，1984-1984，1992-1992），执教期间144胜108负，胜率56.9%
道格·莫（1976-1980），执教期间177胜135负，胜率56.7%
斯坦·阿尔拜克（1980-1983），执教期间153胜93负，胜率62.2%
莫里斯·麦克洪（1983-1984），执教期间11胜20负，胜率35.5%
科腾·费泽西蒙斯（1984-1986），执教期间76胜88负，胜率46.3%
鲍伯·韦斯（1986-1988），执教期间59胜105负，胜率36.0%
拉里·布朗（1988-1992），执教期间153胜131负，胜率53.7%
杰里·塔卡尼亚（1992-1992），执教期间9胜11负，胜率45.0%
雷克斯·休斯（1992-1992），执教期间1胜0负，胜率100.0%
约翰·卢卡斯（1992-1994），执教期间94胜49负，胜率65.7%
鲍伯·希尔（1994-1996），执教期间124胜58负，胜率68.1%
格雷格·波波维奇（1996-），执教期间576胜276负，胜率67.6%
注：以上时间均为北京时间，数据截止2006-2007赛季结束
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