先回答一个问题，微生物是怎麼来的？
在地球几千万年前，是沼气丛生的世界，氧气浓度没有现在来的高，在有水及闪电的环境下，碳水化合物随机产生，在偶然的情况下，形成胺基酸化合物，更进一步构筑了简单的蛋白质，创造出一些能利用沼气的微生物〔蓝绿细菌、古细菌〕，也可以说微生物是地球生命的起源，而之後过了几百万年，随著微生物的演化，植物、动物才慢慢出现，直到高等智慧生物(人类)主宰这个地球。
接下来回答你的问题，先回答生命体内有没有微生物？
先了解微生物和其他生物的关系，包括共生、腐生、寄生等方式，共生菌意思就是互利共生，宿主与微生物互相得到好处，例如人体内在大肠内有大肠杆菌、葡萄球菌等共生菌，你的口腔、皮肤也是，这些共生菌可以产生人类无法产生的特殊产物，有助於人体代谢调节。腐生菌在大自然很常见，常见的食物腐败、你的大便被分解、人死了之後生物分解都是腐生菌的帮忙。寄生菌就像是一些致病菌，伺机性病菌，使人体感冒发烧、腹泻。
目前大自然可以说是充满微生物，包括你呼吸进去的空气也是充满著微生物，不过不用担心，人体有清除微生物的机制，所以只有抵抗力弱时，才容易受到外在微生物入侵。
苹果树有微生物吗？ 我想肯定有的，只是我对植物没那麼了解，就无法说得清楚。
生出的苹果，正常来说应该是无菌状态，通常在适当低温保存下，可以放比较久不易腐烂，会长出微生物，通常是因为表皮接触了大自然的微生物，苹果熟透後，表皮无法阻绝微生物入侵，於是微生物吸收苹果内部养分大量繁殖，就产生了黴菌，分解苹果养分的同时，也产生了代谢产物，也就是我们闻到的恶臭气味，这样你应该比较了解了吧！
想了解更多的话，直接看微生物专书比较快！
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考