温州职业技术学院财会系提供了两个专业方向，以满足不同领域的职业需求。
首先，会计专业旨在培养具备全面知识和技能的高等技术应用型人才。学生将掌握管理、经济、法律和会计学的核心内容，强调传统会计与电算会计的结合，以及会计核算与管理的统一。在课程设置上，他们将熟练掌握手工会计核算，并能娴熟运用计算机进行会计操作，同时具备在企事业单位和政府部门从事会计实务以及电算化操作和管理的能力，以适应实际工作需求。
其次，财务管理专业着重于培养具备理财技巧和分析能力的专业人才。学生将接受德、智、体全面发展的教育，掌握财务管理的基本理论知识，能够有效运用在企业、事业单位以及金融、证券、期货等行业进行投资理财。他们将学会组织企业资金运动、处理经济关系，并具备宏观经济预测和判断分析的能力，以适应快速变化的经济环境。
课程设置包括基础会计、财务会计、成本会计、财务管理、管理会计、电算化会计、审计学、证券投资、经济分析、税法、公司理财实务和会计英语等，为学生提供了扎实的专业基础和实际操作技能。
财会系1999年8月份开始招生，主要培养电算化会计和财务管理专业人才。会计专业被浙江省教育厅列为重点专业，招收普高生及三校生。 全系有教师25人，其中副教授4人，高级讲师5人，高级会计师2人，注册会计师6人，具备讲师、会计师、经济师等中级职称 12人，双师型教师9人。主干学科有 工商管理、经济学、投资理财、法学。