.SEELE的补完是指通过仪式让人类回归到最初的形态,从而得到解脱和救赎,也就是将所有人类还原到LCL状态.(仪式在剧场版真心为你中有明确描绘,由量产机在初号机上刻下圣痕,然后在空中构成倒着的卡巴拉生命之树图案,然后莉莉斯苏醒,量产和初号机构成最强力场,初号机被朗枪还原成生命之树,然后人类将回到莉莉斯那里,也就是人类肉体的灭亡)碇元度的补完计划则是自己成为神来将人类融合成EVA似的单体生命.(即通过他左手里的亚当胚胎和丽体内的莉莉斯魂融合,避免第三次冲击,而由他来引导一切,他也希望能借此看到死去的唯.亚当被还原成卵后,就一直移植在碇元度的左手上)最后碇元度并没有成神,还被愤怒的初号机给吃了,凌波丽违背了他的意志,并开始SEELE版的补完.但最后的结果更偏向唯,碇唯认为人类只有活着才会有希望,希望EVA将人类存在过的痕迹和太阳,月亮永远的留下去.而除唯的其他补完都是想灭亡人类的自我界限,让人类思想融为一体
人类最后并没有成为神,肉体的丧失其实就是死了,也就是所谓的世界的终结.最后只有碇真治和明日香作为新的亚当和夏娃活了下来(TV版中则是只说了碇真治内心的补完).关于亚当,夏娃,莉莉斯,在EVA中并没有提及夏娃的存在,也即按死海公书的描写,莉莉斯是和亚当同时被主造出的最初的人,是亚当的第一任妻子,后来莉莉斯不满自己比亚当弱小,从而离开了白月,成为了撒旦的妻子(犹太密教中莉莉斯为魔女).而夏娃是在此之后主用亚当肋骨造的(此典故EVA中并未提及)SEELE让最后使徒进入最终教义是想提前引发第三次冲击,因为碇元度在对战鸟天使时把仪式的重要工具之一朗枪扔向了月球,无法回收,因此SEELE改变了原先计划,想借使徒之手来完成它的计划.不过渚熏最后看见的只是莉莉斯,他于是把希望留给了人类,自己选择了死最后,丽是碇唯的基因加莉莉斯的灵魂的人造人(为补完计划的工具,很可悲的命运),而初号机则是使徒的基因,碇唯的灵魂.EVA的机体是复制使徒的,然后必须再注入灵魂,使其具备思想,从而完成真正的人造“神”,所以驾驶员都必须是十四岁的少年
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