区别一：有效像素不同
EOS 5D Mark II有效像素约2110万像素。
EOS 6D有效像素约2020万像素。
区别二：取景器视野率不同
EOS 5D Mark II垂直/水平方向约98%（眼点约为21毫米，全画幅拍摄时）
EOS 6D垂直/水平方向约97%（眼点约为21毫米）
区别三：曝光控制不同
EOS 5D Mark II测光模式下35区TTL全开光圈测光 。
EOS 6D测光模式下63区TTL全开光圈测光。
区别四：快门速度不同
EOS 5D Mark II快门速度1/8000秒至30秒。
EOS 6D快门速度1/4000秒至30秒。
区别五：连拍速度不同。
EOS 5D Mark II连拍最大约3.9张/秒
EOS 6D连拍最高约4.5张/秒，静音连拍最高约3张/秒。
参考资料：佳能官方-EOS 5D Mark II
参考资料：佳能官方-EOS 6D-产品规格
佳能5D2和佳能6D，不管从价格还是硬件配置上都是非常相似的。两个相机各自有各种的优点：
佳能5D2作为曾经的旗舰级单反相机，做工要好一些，这点从机身的重量上就可以看得出来
佳能6D则配备了之前佳能单反相机所没有的WIFI和GPS功能，更建议购买佳能6D，不过如果希望相机外形更专业一些那佳能5D2也是一个很好的选择。
2个机身相比较，5D2机身是全金属框架，6D是前后面金属框架，因此，5D2比较结实。
快门寿命5D2标称是15万次，6D产品说明没标明，从拍摄感觉看，6D的快门应该是和700D之类的一样。对焦，感觉2个机器差不多。最高速度，5D2是1/8000， 6D只有1/4000。
放雨滴性能，2个机器是一样的。5D2更适合职业摄影师干活用，皮实耐用，据说有的快门可以用到20-30万次。6D的高感应该比5D2高2-3档。
6D带WIFI热点功能，可以直接用手机遥控拍摄，特殊角度，可以弥补没有翻转屏的问题。自动ISO功能更方便了，设定光圈后，可以设定最低快门速度，ISO和速度自动变化；也可以设定光圈和速度，ISO自动，拍摄非常方便。还有HDR、多次曝光等功能。6D更适合平时自己玩，毕竟快门拍摄数量不大。
总体来说各有利弊．对于一般的摄影爱好者来说，6D的适用性更强些，但同5D2相比他的专业性能差了不少．就专业摄影人员来说还是喜欢使用后者．