水利建设项目档案验收过程遵循明确的程序，主要通过召开验收会议进行。会议由验收组组长主持，项目法人、监理单位、参建单位和运行管理等相关代表参与。
会议议程包括：首先，组长宣布会议文件和验收组成员名单；接着，项目法人报告工程概况和档案管理自检情况；随后，监理单位陈述档案审核结果；如已进行预验收，预验收组织单位会汇报预验收意见和相关情况。验收组在此基础上，会对汇报内容进行质询，并实地考察工程现场。
验收组会详细检查工程档案管理，抽查部分已归档文件材料，按照验收标准进行打分和综合评估。他们会对档案工作基本情况，如管理体制、文件收集整理质量、竣工图编制及归档情况等进行评价，并指出存在的问题和整改要求。得分情况和最终的验收结论也会在会议中公开。
对于验收意见中的整改要求，验收组织单位需监督其落实，项目法人需在工程竣工验收前完成整改，并在申请时提交整改报告。若验收未通过，项目法人需按照相关要求重新申请验收。
《水利工程建设项目档案验收管理办法》，列五章，二十条，自2008年10月10日起施行。这是根据水利部《水利工程建设项目档案管理规定》（水办〔2005〕480号）和国家档案局、国家发改委联合印发的《重大建设项目档案验收办法》（档发〔2006〕2号），为进一步加强对水利工程建设项目档案验收工作的监督、指导，规范档案验收工作行为，统一档案验收标准，确保档案验收质量，特制定的。