江西农业工程职业学院的院系设置包括机电工程系、信息管理系、生物应用系和基础部，各系特色鲜明，致力于为学生提供全面的专业教育。
机电工程系专兼职教师团队共有35人，其中高级职称17人，硕士研究生7人，拥有丰富实践经验。该系设有三个高职专业（机电一体化、数控技术、模具设计与制造）和五个中职专业，提供全面的教学设施，如专用实训大楼和培训基地，以及职业技能鉴定培训点。学生在比赛中屡获佳绩，展示了扎实的技能和理论知识。
信息管理系专注于信息与管理教育，拥有39名教师，其中硕士及以上学历5人，提供现代化的教学设施，如计算机房和会计模拟室。开设有计算机及应用、计算机网络管理等专业，注重理论与实践结合，培养具有竞争力的毕业生。
生物应用系源于传统种植、养殖专业，下设园林、畜牧和服装教研室，教师团队拥有硕士学位5人。系内设有各类实验室和实习基地，培养的学生具备良好职业素质和技能，深受行业欢迎。
基础部负责全院基础课教学，包括商务英语和文秘专业，教师团队以大学本科学历为主，致力于基础教育和公共体育活动的开展。
江西农业工程职业学院的前身是创办于1940年的江西省樟树农业学校。1980年被确定为江西省重点中专，2000年被确定为首批国家级重点中专，2004年升格为高等职业学院。是一所面向全国招生与就业的公办全日制普通高校。