嵊泗县位于杭州湾以东,长江口东南,即北纬30°24′~31°04′、东经121°30′~123°25′之间,是浙江省最东部、舟山群岛最北部的海岛县,属于浙江省舟山市,由404个大小岛屿组成,嵊泗县县境西起滩浒黄盘山,与上海金山卫相望;东至童岛(海礁)的泰礁;北迄花鸟岛,连接畲山洋;南到浪岗的南北澎礁、马鞍山—白节山一线,与岱山县大衢岛隔水为邻。东西长180千米,南北距23千米~91千米,海陆总面积8824平方千米,其中陆域面积86平方千米,海域面积8738平方千米,分别占总面积的0.97%和99.03%,故有“一分岛礁九九海”之说。
截止2013年,嵊泗县有3镇:菜园镇、嵊山镇、洋山镇。4个乡:五龙乡、黄龙乡、枸杞乡、花鸟乡,8个居民委员会,38个村民委员会。