单位不可以停止缴纳保险。简单说：单位在劳动关系存续期间，也就是确立劳动关系之后、解除劳动关系之前，必须为提供劳动者缴纳社保。
你所提供的情况，公司同意了劳动者的请假请求，属于在劳动关系存续期间行使正常请假的权利，劳动关系并未解除，因此单位必须缴纳保险。《劳动法》、《劳动合同法》对此有相关规定。
缴纳社保费用，这是公司法定义务，不能以劳动者请假未提供劳动而擅自停止缴纳的。
除非劳动者和单位双方解除劳动关系了，单位才可以停缴。
如果你是事假，看你们单位的制度规定啊，对于请假如何扣工资的。
如果你确实觉得有愧对公司，那你和公司协商，社保部分由自己承担，但建议不要停缴。