以下为clannad游戏剧情，动漫根据游戏改编，主线剧情基本相同
那么...剧透开始...未通游戏的好孩子不要看...
幻想世界是自古存在的，幻想世界与现实世界在三维空间上是重合的，可以把两者的关系想象成一张纸的两面。而不同的是幻想世界有第四轴，而它可以直接影响现实世界。
幻想世界少女是汐，而且是第一次被生下的汐。小时候的渚在那次重病的时候，被大叔抱去那片树林，由于大叔强烈祈愿，幻想世界将生命力分给了渚。渚痊愈，但从此和幻想世界融合。
汐诞生于幻想世界（起码精神诞生于那里）。汐死后进入幻想世界，成了世界的管理者。但这是不完全的，汐必须与幻想世界完全融合（这也就是汐逐渐变得不能动的过程）。人偶是朋也。汐死后由于强烈的祈愿精神进入幻想世界。由于残存的模糊印象而亲近汐，希望带汐回到原来的世界。（但自己并不知道自己的身份）
汐与幻想世界完全融合，成为世界的管理。为了救母亲和父亲，汐拨动了幻想世界的时间轴，让现实世界的时间回到朋也与渚相遇的时间，为的是让朋也去收集【光】。（补充一点，寻找光其实是为了让幻想世界重现生机。还记得幻想世界的冬天的来临吧。因为小镇上的人们缺少互相关爱，以及对自然的破坏，两个世界都在失去生气。而寻找光的过程，就是让小镇的人们逐渐产生爱，成为小镇家族的过程。这也是游戏题目的意义）自此游戏学园篇开始。汐不断回拨现实时间，朋也逐渐得到光，小镇（幻想世界）逐渐回复生机。当小镇的人们找回爱时，幻想世界也回复了力量。最后由于幻想世界（或者说汐的意志）引发的奇迹，渚活了下来，一家人幸福的生活着。
AS结束后的【尾声】（就是风子那段），风子说闻到了可爱的气味，对话后回到标题画面，你会发现树下不再是光玉，而是幻想少女躺在那里。那棵树既是两个世界的连接点。也是大叔求施工队留下的那棵树。风子由于曾今进入幻想世界，潜意识中知道汐的存在，最后的对话是和汐说的（应该说是幻想少女~~）。我猜测，幻想少女的确来到了现实世界。
幻想世界少女就是汐，不是渚。渚是与小镇有着联系。由于这个联系，渚才能得知那个她演出过的故事，少女与人偶。这也说明，在游戏开始之前，汐和人偶就存在于幻想世界，即是说，游戏的学园篇是汐回拨幻想世界的第四轴的结果（汐牌时光机...）。
人偶的故事是第一次汐出生时的事。由于汐的死亡，朋也的精神进入幻想世界，遇见少女->少女给他做了个身体（人偶），朋也留下来陪少女->少女逐渐与幻想世界融合->少女成为幻想世界的意志，让朋也回到自己的世界收集光->少女回拨时间，游戏开始-朋也得到光（或无所作为）->少女回拨时间-朋也得到足够的光->小镇和幻想世界恢复->小镇的奇迹救了渚->clannad结束
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