日本商标注册程序大致可以分为申请、审查、公告/异议及注册四个阶段。整个注册周期所需时间，在没有异议的情况下6-8个月。
1. 注册流程及所需时间
（1）申请阶段（7天左右收到回执）
递交后7天左右可以收到日本商标注册回执。
（2）审查阶段（4-6个月）
日本商标审查分为形式审查及实质审查两部分。
形式审查：申请递交后给定申请号及确认申请时间。此阶段，审查申请文件是否符合要求。
实质审查：根据法律审查商标是否具有可注册性，例如，是否具有显著性。如果审查员认为商标不宜注册，发出驳回通知。申请人可以在规定时间内予以答复。申请人也可以申请延时进行答复。
（3）公告/异议阶段（2个月）
商标通过审查后，申请人会被告知 商标申请 已接纳并刊登在商标公告上。任何人都可以在2个月的公告期内提出异议，并陈述理由及提交相关证据。
（4）注册阶段
经异议被裁定可以注册的商标，或经公告没有异议的商标将获准注册并下发注册证。
2. 商标注册后需要注意的问题
日本商标有效期为从注册日起算 10 年。有效期满需继续使用的，应在注册有效期满前 6个月申请续展注册，每次续展注册有效期为10年；商标续展有6个月的宽展期，但要缴纳额外费用。