整个程序非常合法，没有任何问题。
首先，投标阶段，甲作为某公司代理人进行投标，中标的是该公司，中标后该公司与建设单位签订合同，到这没有疑问吧。
然后，乙通过缴纳管理费或其他的方式，取得了该项目的实际控制权，作为该公司的代理人实际上对该项目的建设进行全面管理，在法律层面，完全合法。
合法的原因如下，虽然该项目的实际控制人由甲变成了乙，但是施工单位没有变更。法律上不管项目的实际控制人是谁，只认施工单位，只认项目经理。
综上，只要投标程序合法-该公司中标-名义上仍由该公司施工（项目经理及其他管理人员没有变更，或经业主同意进行了变更）-项目经理受聘于该公司并由公司授权，在名义上全权管理该项目，就合法，无所谓项目的实际控制人是谁。
追问中标后，签合同前，现在很多啊，中标后，卖给买标人，中标单位再给买标人开个法人委托就去跟甲方签合同了