细菌和真菌与动物或植物共同生活在一起，相互依赖，彼此有利，这种现象叫共生；如地衣是真菌与藻类共生在一起而形成的，藻类通过光合作用为真菌提供有机物，真菌可以供给藻类水和无机盐．呼吸作用的表达式为：有机物+氧气线粒体 二氧化碳+水+能量，所以细菌将动植物遗体中的有机物分解为二氧化碳和水，这一生理过程属于呼吸作用．
腐生性细菌的细胞中没有叶绿体，不能进行光合作用，因此营养方式是异养，可把动植物遗体中的有机物分解成二氧化碳、水和无机盐，这些物质又能被植物吸收和利用，进行光合作用，制造有机物．所以细菌对于自然界中二氧化碳等物质的循环起着重要的作用．
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