诊断主要根据临床表现,但应注意患者在出现皮疹前可有数月或数年的局限性阴囊瘙痒或烧灼病史。对久治不愈的阴囊湿疹、皮炎、溃疡,医师应充分警惕阴囊癌的可能性,局部组织病理活检是最有力的诊断。对于肿大的腹股沟淋巴结,亦应活检以确诊是炎性或确系转移。虽然阴囊癌转移至腹膜后淋巴结等远处者甚少见,但一旦有可疑亦应进行B超、CT、MRI及细针穿刺活检等帮助诊断明确分期。
在阴囊癌的诊断上尚缺乏特异性和敏感性的肿瘤标志物,但免疫组织化学及分子生物学诊断技术亦已开始用于阴囊癌的诊断和预后,而发病与人乳头状瘤病毒(HPV16等)的关系,亦在注意和研究中。用免疫组化法检测阴囊癌、癌旁组织和正常组织中癌基因ras产物p21蛋白的表达证明与病理分级和分期呈正相关,可用作诊断阴囊癌的早期复发、转移和估计预后优劣的指标。又如在阴囊癌病例中发现HPV16型阳性者抑癌基因TP53累积突变P16INK4A、P15INK4B纯合子遗传物丢失,可用作阴囊癌估计预后的肿瘤标志。