had done是过去完成时，如果动作发生在相对于过去某一时刻的过去，在过去某时刻已经完成了，就用had done。
have/has done是现在完成时，是相对于现在动作已经完成了，have done主语是第一人称和第二人称和第三人称复数，has done主语是第三人称单数。
过去完成时(The Past Perfect Tense)：表示过去某一时间前就已经发生或完成了的动作，对过去的某一点造成的某种影响或是结果，用来指在另一个过去行动之前就已经完成了的事件。
在英语时态中，“时“指动作发生的时间，”态“指动作的样子和状态。 它表示动作发生的时间是“过去的过去”，侧重事情的结果。
现在完成时表示的动作发生在过去，以now的时间为基点，但侧重对now产生的结果或造成的影响；过去完成时则是一个相对的时态，以过去时间为基点，它所表示的动作不仅发生在过去，更强调“过去的过去”，只有和过去某时或某动作相比较时，才用到它。
1、It is the first / second time that…结构中的从句部分，用现在完成时。
It is the first time that I have visited the city.
2、This is the…that…结构，that从句要用现在完成时。
This is the first time (that) I've heard him sing. 这是我第一次听他唱歌。
3、在told，said，knew，heard，thought等动词后的宾语从句，用过去时。
She said (that) she had never been to Paris.
4、在过去不同时间发生的两个动作中，发生在先，用过去完成时；发生在后，用一般过去时。
When the police arrived, the thieves had run away.
过去完成时与一般过去时的区别
1、时间状语不同：过去完成时在时间上强调“过去的过去”；而一般过去时只强调过去某一特定的时间。
比较：They had arrived at the station by ten yesterday.
They arrived at the station at ten yesterday.
2、过去完成时表示过去的过去，不单独使用，一般和一般过去式一起使用。
3、当两个或两个以上接连发生的动作用and或but连接时，按时间顺序，只需用一般过去时来代替过去完成时；另外，在before，after，as soon as引导的从句中，由于这些连词本身已经表示出时间的先后，因此也可以用过去时来代替过去完成时。
He entered the room, turned on the light and read an evening paper.
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