正当上京城向前发展时期，金朝内部发生了宫廷政变，主要原因是，金熙宗在位后期骄奢淫逸，暴虐杀人，引起了朝中重臣的不满，金熙宗继父之子完颜亮利用这个机会，联合亲信亲手将金熙宗杀死，自立为帝。海陵王即位后，为了缓和居弟杀兄、臣弑君的同室操戈这个矛盾，就以上京会宁府偏于东北一隅，物质运输与公文传递有违误，使节往来也艰于行旅，致使政令无法及时畅达内外等理由，将京都迁往燕京（今北京市）。海陵王迁都燕京，对于适应金国形势和发展和统治中原的需要，及女真族发展和燕京的开辟而言，这是一种进步。
在迁都燕京后，海陵王为了不留有金熙宗风行君主制的痕迹，完全解除女真皇族组合力与反抗力，来确保自己的皇位，于正隆二年（1157年）下令毁上京。据记载命吏部郎中萧彦良尽毁宫殿、宗庙、诸大族府第及储庆寺，夷其址、耕垦之。同时，于正隆二年（1157年）八月，海陵王下令撤销上京留守衙门，罢上京称号，只称会宁府，并下令把驻扎上京的属于太宗、宗干、宗翰管辖下的军队合并，使其缩小实力，并且迁往中都。
海陵王迁都、毁上京后，使上京会宁府的人口一度锐减，经济发展一度衰落，不再有往日市井繁荣的景象。
【复号上京】
海陵迁都平毁上京宫室宗庙之后，已去萧墙之忧，因而全力准备侵略宋朝的战争，同时大建宫宇、搜刮百姓，残暴的统治给百姓带来深重灾难，民不聊生。正隆六年（1161年）十月，东京留守曹国公完颜雍即位于辽阳，改元大定，是为金世宗。这时完颜亮还在南进征宋，而金军亦十分厌战，重要将领耶律元宜部反戈，元宜及其部下射杀海陵王于帐前，海陵死于瓜州渡。
世宗改元，大赦天下，同时历数海陵罪过数十事。金世宗统治时期，经济、文化都得到了一定程度的恢复和发展。
金世宗于大定二年（1162年）发布诏令，以会宁府国家兴王之地，宜就庆元宫址建正殿九间，仍其旧号，以时荐享。大定五年（1165年），重新修复了太祖庙，大定二十一年（1181年），修复宫殿，建城隍庙。至此，金上京被毁坏的旧宫室、宗庙大部分被修复，但唯有储庆寺不见有修复的记载。在大定二十四年（1184年），以甓束其城就是在土墙之外增筑砖墙，以加固城墙的坚实性，并在大定十三年（1173年）七月，金世宗下令恢复会宁府的上京称号，恢复上京留守衙门，派宗室元老谷英任上京留守。金上京会宁府的历史地位，被金世宗又重新树立了起来。这是大金得胜陀颂碑，在今吉林省扶余县石碑崴子屯，金世宗1184年东巡上京，于1185年到此凭吊，这里是阿骨打率女真部义军誓师伐辽的地方。
【金国衰落】
金章宗末年，自然灾害较为严重，上京的繁荣已成为过去。泰和八年（1208年）十一月金章宗病逝，章宗的皇叔卫绍王永济继位。同时，蒙古大汗成吉思汗叛金自立，开始进攻金国的北方，并迅速占领长城以北的广大地区，于1213年又突破了长城防线，进入黄河平原。到1215年成吉思汗率领蒙古军劫掠并占领了金国的北京。至金哀宗天兴二年（1234年）蒙宋联军攻破蔡州城，在战火中即位的金末帝完颜承麟则死在乱军之中，金国灭亡。
从1115年阿骨打建国称帝到1234年完颜承麟在蔡州身亡，金代经历了长达119年的历史，而金上京地区则早在1218年就陷落在蒙古骑兵的铁蹄之下。由于在金后期，上京行省完颜太平与万奴勾结，受万奴之命焚毁了上京宗庙等大规模的建筑，以及上京守军在与抵抗万奴的作战中，上京城遭到了严重破坏，但上京城在元朝、明朝仍被沿用，上京的最后废弃，是在清代。
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