人体的免疫系统大体分为三道防线：第一道防线是由皮肤黏膜等组成的，作为人体最直接接触外界的部分，第一道防线拥有很强大的阻挡病原体进入机体的能力。比如能抵抗艾滋病病毒的唯一防线就是皮肤，当皮肤破溃，体液接触时，HIV病毒就会侵入人体；
第二道防线是由吞噬细胞等非特异性免疫细胞组成的，这些免疫细胞并不能特异性的识别入侵机体的外来物，但可以识别异物和本体的区别，然后包裹吞噬异物，释放自身细胞内的消化酶，希望能溶解消灭异物。就想看门的守卫，虽然战斗力可能不强，但是他认识来者不善，并且竭尽全力阻挡。第二道防线可以消灭我们平时接触的绝大多数病原体，所以我们暴露在充满了细菌真菌病毒的环境里，但并没有每天都生病；以上两道防线是免疫系统的【非特异性免疫】，作为“大门”和“守卫”的角色保护人体，消灭入侵的病原体。但有些病原体，比如流感病毒等等，“boss”这样的角色，长驱直入，前两道防线的能力并不能阻挡消灭他们，那么病原体可能会进入体液、甚至入侵到细胞中，这时候就需要更厉害的角色去对付他们，即【第三道免疫防线】，【特异性免疫】。入侵部位不同，参与特异性免疫的细胞和免疫因子也不同。入侵体液的病原体，鉴于他们还没躲进细胞里，则由“认识”它的免疫细胞识别它并且针对他制造出能够消灭它的工具——【抗体】，特异性的消灭它；但一旦躲进细胞里，免疫系统就要先想办法让它出来，就需要另一种免疫细胞去告知这个被病原体入侵了的细胞，为了机体的健康，自我裂解，这样病原体就会暴露在体液里，再生产相应抗体结合病原体并消灭病原体。
病菌或病毒等致病微生物进入体内，免疫系统中的巨噬细胞首先发起进攻，将它们吞噬到“肚子”里，然后再通过酶的作用，把“肚子”里的微生物分解成一个个片段。这些微生物的片段显现在巨噬细胞的表面成为抗原，它们就像招牌一样一拍即合，马上发生反应。这时，巨噬细胞便会产生出一种叫淋巴因子的物质。这些淋巴因子的最大作用就是激活T细胞。T细胞一旦“醒来”之后，立即向整个免疫系统发出“警报”，报告有大批“敌人”入侵的消息。这时候，免疫系统出动一种杀伤性T淋巴细胞，并由它引发出专门的B淋巴细胞，最后再通过R淋巴细胞产生专一的抗体。 杀伤性T淋巴细胞很有意思，它能够寻找那些已经被致病微生物所感染的人体细胞，而且一旦找到之后，便像杀手那样将这些感染细胞摧毁掉，就防止了致病微生物的进一步繁殖。在摧毁感染细胞的同时，B淋巴细胞产生的抗体与细胞内的致病微生物相结合，使微生物失去致病的作用。正是通过以上一系列的复杂过程，入侵体内的致病微生物被免疫系统抑制住了。
如果把人比作一个国家，那么免疫系统就等于保卫国家的安全部门。安全部门分三类，第一类是皮肤粘膜等直接接触外界环境的部分，类似于长城，大多数外界的病原体都被挡在外面，一旦长城出现缺口（受伤破溃），敌人就会进入内部。
第二类安全部门是非特异性免疫细胞，等于国家的军队，军队的职业是什么，就是打仗，当体内进入病原体后军队（非特异性免疫细胞）马上就出动对抗敌人，但是军队他只管打仗不管分别，就要机体判断说这个是外来物就会派出军队。像器官移植啦输血啦有排异反应都是因为这个。第三类叫做特异性免疫，大概就是国家的武警部队，当有病原体突破了前两道防御后特异性免疫系统就开始发挥作用。敌人在体内出现了，武警部队接到群众举报马上带领部队去消灭，然后记录在案，等到下次同一个敌人再出现的时候武警就能直接找到该敌人的信息而做出针对性的反应。免疫系统的大概功能就是这样。
