湖南交通职业技术学院一共有10个二级学院，分别是路桥工程学院、汽车工程学院、智能交通学院、运输管理学院、机电工程学院、建筑工程学院、公共教学部、思政课部、交通技工学校和继续教育学院。
1、路桥工程学院是全校规模最大的二级学院，现有在校学生约3000人。道路桥梁工程技术专业是学院的主干专业，办学历史悠久，底蕴深厚，成效显著。目前以该专业作为核心专业，将道路养护与管理、港口航道工程技术、城市轨道工程技术、高速铁道工程技术、工程造价（公路方向）六个专业形成交通土建技术专业群共同发展，也是我校湖南省卓越院校建设项目重点建设专业群。
2、汽车工程学院以汽车运用与维修技术专业为核心，包含汽车制造与装配技术、汽车营销与服务、汽车车身维修技术、汽车电子技术、新能源汽车技术专业，是国家级和省级实习实训基地。
3、智能交通学院，专注为智能交通行业产业培养发展型、复合型和创新型技术技能人才，其智能交通特色在全国已具有一定影响力，是学校重点建设的二级学院。
4、运输管理学院依托“卓越院校”建设，构建以物流管理专业（国家示范校重点建设专业）为龙头，含城市轨道交通运营管理、交通运营管理、会计、电子商务、旅游管理、商务英语等专业的交通运输服务专业群。培养运输管理与服务的卓越工匠人才，积极为“四化两型”建设服务。
5、机电工程学院成立于2004年，以服务湖南省交通运输事业为已任，面向道路桥梁施工、建筑工程、港口运输、船舶轮机、数控加工制造等行业和企业，以培养机械设备制造、装配、检测、维修、销售和售后服务等方面的高等技术技能型人才为宗旨。经过近20年的专业建设，学院已发展成为拥有工程机械运用技术、机电一体化技术、工业机器人技术、数控技术、轮机工程技术等专业组成的机电类专业群，集教学、科研、社会服务和职业技能培训四位一体的二级学院。
6、建筑工程学院自建院以来秉承求真务实、追求卓越的办学理念，精心打造了以建筑工程技术专业为重点、建筑工程造价专业为精品、建筑装饰工程技术专业与建筑经济管理专业为特色的省级卓越院校建设专业群。目前开设有建筑工程技术（重点专业）、建筑工程造价（国家示范性高职院校建设专业、湖南省精品专业）、建筑装饰工程技术（特色专业）、建筑经济管理（特色专业）等4个专业，现有全日制学生2600余人。
7、公共课教学部（含语委办）是负责学校公共基础课与公共选修课的教学部门，同时还负责全校语言文字推广、培训及测试等工作。本部门下设英语、数学、计算机、体育四个教研室，主要承担全校学生公共英语、高等数学、体育、计算机基础四门公共基础课程的教学与教学管理工作，同时还开设有面向全校的提高学生素质和丰富校园文化生活的公共选修课，负责学生的体质健康测试及普通话水平测试，文化艺术节、运动会等大型文艺、体育活动的组织、协办工作。
8、思想政治理论课教学科研部是直属于学院领导的二级教学科研组织机构，主要职责是：统一管理思想政治理论课教师，负责思想政治理论课教学、科研及思想政治理论课程的建设和教学科研梯队建设等工作。该部门下设"思想道德与法律基础教研室"（简称"思法"教研室）、"毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系概论教研室"（简称"概论"教研室）和"形势与政策教研室"。
9、湖南交通高级技工学校是经人力资源和社会保障部及有关部门批准，进行全日制中、高级技工教育的公办学校，是国家级重点技校和全省八所示范性技校之一，现隶属于湖南交通职业技术学院。学校始终坚持"以服务为宗旨，以就业为导向"的办学方针，为社会特别是交通建设事业培养了数以万计高素质劳动者和高技能专门人才。
10、继续教育学院（湖南交通培训中心）位于湖南交通职业技术学院北院（长沙市香樟路110号）和新校区（长沙县黄兴镇），周边环境优美，配套设施齐全，后勤服务周到。有可供600人居住的客房180余间，有环境舒适、可容纳240人就餐的餐厅，有大小6个会议室、6个多媒体教室。2个多功能报告厅。此外，还有功能齐全的卡拉OK厅、舞厅、活动室。继续教育学院担负着人员培训、成人学历教育和职业技能鉴定、培训等业务，现有工作人员58人。
湖南交通职业技术学院一共有6个二级学院（不包括继续教育学院，具体可以去学校官网查看）：
