瑞氏染色是染血细胞的，而革兰氏和美兰染色主要是染细菌的。
1.
瑞氏染料中有
美蓝和伊红两种成分，前者为碱性，后者为酸性，它们与细胞内的各种物质具有不同的亲和力，使其显现出不同的色调。血细胞核由
去氧核糖核酸和强碱性的组蛋白、精蛋白等形成核蛋白。这种强碱性的物质与瑞氏染料中的酸性染料伊红有亲和力，所以染成红色；核蛋白中还有少量的
弱酸性蛋白，它们又与染液中的碱性染料美蓝起作用而染成蓝色，但含量太少，蓝色反应极弱
，故核染色呈现紫红色。较幼稚的细胞之胞浆和细胞核之核仁中含有酸性物质，它们与染料中的碱性染料美蓝有亲和力，故染成蓝色。
2.
革兰氏染色通过
结晶紫初染和碘液媒染后，在细胞壁内形成了不溶于水的结晶紫与碘的复合物，
革兰氏阳性菌由于其细胞壁较厚、肽聚糖网层次较多且交联致密，故遇
乙醇或丙酮脱色处理时，因失水反而使网孔缩小，再加上它不含类脂，故乙醇处理不会出现缝隙，，因此能把结晶紫与碘复合物牢牢留在壁内，使其仍呈紫色；而革兰氏阴性菌因其细胞壁薄、外膜层类脂含量高、肽聚糖层薄且交联度差，在遇脱色剂后，以类脂为主的外膜迅速溶解，薄而松散的肽聚糖网不能阻挡结晶紫与碘复合物的溶出，因此通过乙醇脱色后仍呈无色，再经沙黄等红色染料复染，就使革兰氏阴性菌呈红色。
染色的差异主要是由于阴性与阳性细菌细胞壁的差异所引起的。
3.
美兰又叫
亚甲基蓝。染色原理：细菌经过进行有氧呼吸产生大量的
二氧化碳,使添加亚甲基蓝的培养液变弱酸性,亚甲基蓝由氧化态的蓝色变成还原态的无色,所以可以检测细菌的数目多少。细菌越多，变无色的区域越多。