在南京民间流传着一个故事，说朱元璋的孙子为了防止后人盗挖爷爷的墓，下葬的那一天还特意摆了个迷魂阵，将南京城十三道门全部打开，同时出十三口棺，又埋于不同的地方，让人不知道哪个是真哪个是假。然而，众所周知，朱元璋在活着的时候就为自己造好了墓寝，就是孝陵，而且早已将马皇后送了进去。既然这样，如此造假还有什么用呢？
原来，在朱元璋下葬后不久，就有一个说法传出来，说他并没有被送入孝陵，而是埋在了朝天宫，也就是现在的南京王府大街再向南千米的朝天宫，“世传三清殿下为明祖真葬处”。据说，朱元璋被埋葬后不久，孝陵内每夜都会传出马皇后因为孤独而伤心的哭泣声。古人有诗为证：“后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独。”
朝天宫在宋代叫天庆观，元代叫元妙观、永寿宫，朱元璋定都南京后改名朝天宫。当初朱元璋死后没几天，朱允炆就将他速葬，而又大摆迷魂阵，这倒是合乎当时的情景，为了遮人耳目，同时出十三口棺，结果全部都是假的，真的埋在南京城内的朝天宫，非常方便，孝陵也就成了马皇后一人的陵墓。
这一说法却又遭到许多人的反对，清代文人甘熙在《白下琐言》中指出，朱元璋为了建孝陵花了十几年的时间，用了几百万白银，总不至于为马皇后一人·所建吧？再说，朱允炆是一个很孝顺的皇帝，也不至于让他的爷爷奶奶死后不能相聚吧。
这一说法还没有被证实真假，忽然又传出另一种说法，说朱元璋既不在孝陵，也不在朝天宫，而是被其四子朱棣偷偷地运到了北京的万岁山。清人赵执信在《万岁殿》中说：“明祖手指一杯酒，布衣刘季真吾友......煤山万寿耸峥嵘，犹是因依万岁名。”
不过，这一说法很快又被人否定了，原因是：“万岁山在燕京，其时方以会葬不从，兴师靖难，焉有奉移梓宫不远数千里而往之事。”就是说，如果朱元璋真的埋在北京，朱棣造反就找不到理由了。
如此说来说去，朱元璋究竟埋在哪里，经现代高科技探测，在孝陵宝顶的下面有一个面积宏大的空间，而且还有一条长长的通道直通名楼的东侧十几米处，有一片下沉的地方，就是现在有裂口的宝城城墙下面。不过，这也不能证明朱元璋就在里面，究竟在哪里，恐怕还要相当长一段时间才能证明。