酒精之所以能消毒是因为酒精能够吸收细菌蛋白的水分，使其脱水变性凝固，从而达到杀灭细菌的目的。
细菌细胞壁主要的成分是肽聚糖和脂多糖，有规律地交联形成网状结构。一定浓度的酒精，可以溶解脂多糖，使得正常的细胞壁被破坏。作为小分子的乙醇趁势而入，进入细胞内部，继续搞破坏：酒精有着脱水并沉淀蛋白的特长，所以当它接触到内部的蛋白质（如维持细菌代谢的酶和一些组成细胞结构的蛋白），蛋白质很快就会变性失活，如此细菌就无法继续存活了。
如果使用高浓度酒精，对细菌蛋白脱水过于迅速，使细菌表面蛋白质首先变性凝固，形成了一层坚固的包膜，酒精反而不能很好地渗入细菌内部，以致影响其杀菌能力。75% 的酒精与细菌的渗透压相近，可以在细菌表面蛋白未变性前逐渐不断地向菌体内部渗入，使细菌所有蛋白脱水、变性凝固，最终杀死细菌，若酒精浓度低于 75% 时，由于渗透性降低，也会影响杀菌能力。
因此酒精杀菌消毒能力的，浓度过高或过低都不行，效果最好的是 75%。研究显示，70~78％ 的酒精都可以达到杀菌 99％ 的效果。75% 酒精可破坏病菌的脂质层表面，因此可杀菌并消灭流感病毒，但因肠病毒并没有脂肪组织，因此 75% 酒精对芽孢及病毒无效。