在M3《世纪末的魔术师》中得知。
《名侦探柯南：世纪末的魔术师》是日本东宝公司于1999年4月17日出品的一部动画电影。该片是《名侦探柯南剧场版》的第三部。
剧情简介——
罗曼诺夫王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出“犯案预告信”准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大家，包括对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和基德相同是被击中右眼。目暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。
到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀 也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商乾被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。但专门狙击人右眼的神秘杀手“史考兵”也在人群之中。
他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目。柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了...
扩展资料：
登场角色——
1、江户川柯南
主人公。虽然外貌是小学生，但其真实身份是有名的高中生侦探工藤新一。被灌下黑衣组织开发的毒药回到了小学生的模样，但头脑没有改变，借助阿笠博士开发的侦探工具，解决了一个又一个困难案件。喜欢吃柠檬派。生日是5月4日。运动神经超群尤其擅长足球，但是个音痴。
2、怪盗基德
驰骋于世界各地，神出鬼没的大怪盗。技术一流，高超的易容术连柯南都能骗过。犯案之前经常狂妄的发送犯罪预告函，即使这样也能在众目睽睽之下将宝石或美术品等目标盗走，是柯南最大的劲敌，在本篇中识破了柯南的真实身份，但没有声张。
3、服部平次
人称“西服部，东工藤”中的关西著名高中生侦探。有摩托车驾照，剑道高超。父亲是大阪府警部部长，但他不想被别人提及。是新一非常好的朋友，也是竞争对手。他是知晓柯南真实身份的极少数人之一，在本篇中假扮新一，被基德识破。
4、香坂夏美
糕点师，27岁。她是被怪盗基德盗走皇室彩蛋的所有者香坂家的继承人。现居法国任职一名糕点师。外表靓丽与浦思青兰同样是灰色的瞳孔，她说自己是继承了曾祖母眼睛的颜色。她小时候听说的一句话成了解开密码的关键，她协助柯南他们解开隐藏在城堡里的秘密。
1、一种是在KID第一次出场的“076 柯南对怪盗基德 ”这一集里
2、另一种是在《世纪末的魔术师》里
第一种，在这一集里，由KID的表现上来看，刚开始遇到柯南时他是不知道的，只是觉得他“不是一个寻常的小孩吧”。但是从后面他的表现上来看，他已经通过他的调查发现了，因为他频繁化妆出入毛利的事务所，最后还做了和小兰一模一样的衣服扮成小兰，到最后柯南快抓住他时，他利用了柯南对小兰的担心成功逃脱，能这么准确地利用小兰，可见他是知道的。
讲KID在这一集知道的理由：虽无具体的确定的事实说明，但可以通过KID的表现来看出。
第二种，在这部剧场版里，KID扮成的白鸟一直在跟踪柯南，观察柯南的行动，柯南在厕所里与博士联系都被他看在眼里，到最后，他为了还柯南救他鸽子的情，扮成了新一的样子帮他解围，逃过了小兰的怀疑。这时已经的的确确知道他是谁了。
讲KID在这一部中知道的理由：在这一部中有具体的观察过程，并且扮成新一最后确定他知道的结果
这两种说法各有各的理由，剧场版有观察——得出结论的完整过程，但如果你报有剧场版不影响TV剧情的观点来看，那就算是76集吧。本回答被网友采纳
要说在TV中基德知道柯南身份：
第219集《名侦探的聚会 工藤新一vs怪盗基德》1个半小时特别篇，关于基德，之前有人说是第3部剧场版《世纪末的魔术师》，是因为基德装成白鸟警官,发现柯南打电话给阿笠博士，然后又化装成新一的样子，为柯南解了围（因为小兰正怀疑她），这应该说是最早的了。但是在第219集《新一VS怪盗基德》里，介绍了基德与在变小之前的新一的一次较量（他们并没有真正碰面，新一甚至不知道小偷的名字），而且那个大背景正是在第76集《柯南VS怪盗基德》里，准备偷铃木财团暗夜星辰的基德回忆的往事。由此可见，在第76集里柯南虽是第一次见到基德，而基德已经感觉到柯南似乎就是从前那个给他添麻烦的侦探，所以要说基德知道柯南身份最早是就在第76集，但具体说明如何知道的就是在第 219集里。而《世纪末的魔术师》是最早体现出基德看穿了柯南