1、综合办公室 主要负责人力资源管理（含退管）；档案管理；图书馆文秘；图书馆对外信息发布；公共接待（包含会务）；用车管理（车辆调度、使用和维护）；杭州市图书馆事业基金会的指导和协调；工会日常管理；党务。
2、业务办公室 杭州图书馆及杭州地区各公共图书馆业务发展总体情况的调研、分析与规划；业务数据的统计、分析、考核与评估；全馆性业务工作的协调与管理；全馆性业务培训的实施；杭州市图书馆协会日常工作；读者投诉管理工作；总服务台工作。 3、财务部 主要负责图书馆财（税）务管理；资金管理、运作、使用、监督；资产运作监督；对外服务窗口服务收银工作。 4、后勤与安全保卫部 主要负责资产采购（包括文献采访）、资产管理（包括消耗资产与固定资产）；综合治理（环境卫生及安全保卫等）；建筑维护与管理；综合服务。 5、技术支持部 主要负责计算机网络系统研究开发、建设、更新、维护等；强弱电管理； 6、编目中心 主要负责文献加工；书目数据建设与维护；书目数据服务；承担杭州市文献编目中心管理工作。 7、社会文化活动部 主要负责各类培训；社会活动（包括讲座、展览、演艺活动、大型读者活动、图书馆读者之友社等）。 8、专题文献中心 主要负责各种专题文献阅览服务与管理（包括外文文献）；古籍与地方文献的搜集、整理、研究、开发与保护；相关读者活动。
9、文献借阅中心 主要负责各类文献资源的借阅与管理；各类阅读活动（包括儿童阅读活动）；用户远程服务；文献物流管理；阅读推广；公共服务体系建设协作协调；自修室管理；各类儿童文献资源借阅与管理；儿童阅读活动、幼儿游艺及亲子活动。
10、城市生活主题馆 主要负责各类文献资源的借阅与管理；读者活动；自修室管理；音乐俱乐部；配合后勤与与安全保卫部做好安全保卫工作。
11、音乐分馆 主要负责音乐资源视听服务与管理；音乐普及教育和欣赏活动；音乐俱乐部；音乐录制创作。 12、佛学分馆 主要负责佛学文献资源的借阅和管理；自修室管理；配合后勤与与安全保卫部做好安全保卫工作。
13、研究与交流部
主要负责杭州图书馆学术研究工作；国际国内交流；《城市图书馆研究》刊物编辑出版工作；中图学会专业委员会相关事务。 14、文献服务与出版 主要负责信息增值服务；剪报、咨询、课题服务；《杭州文化年鉴》编辑部；《文澜》杂志编辑部；文献出版。 15、信息制作与传播中心 各类资源制作；数图环境的维护与开发；城市学门户制作管理；少儿馆网站制作管理；文化信息共享工程杭州市支中心工作；编辑与出版。
16、盲文分馆 主要负责盲文文献资源的借阅与管理；典藏管理；阅读推广；配合后勤与安全保卫部做好安全保卫。
