（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；负责机关日常工作的协调和重要事项督查；承担机关财务和国有资产管理、安全、保密、信访等工作；联系特约审计员。
（二）综合处
负责综合性文件起草及审计数据统计工作；编制审计工作计划，安排年度审计项目；负责组织对审计计划实施情况及审计工作的检查、考核和目标管理；承担信息和政务公开工作；牵头起草本级财政预算执行情况及其他财政收支的审计结果报告和工作报告。
（三）法规处
负责起草审计地方性法规、规章和规范性文件；审理有关审计业务事项；承担机关规范性文件的合法性审核和审计文书、表式的规范化工作；承办审计听证、行政诉讼、行政复议工作；组织对本局和区县（自治县）审计机关审计业务质量的监督检查。
（四）经济责任审计处
组织、协调经济责任审计工作；负责衔接当年经济责任审计计划、制定经济责任审计工作方案；负责完成区县（自治县）市管党政领导干部经济责任审计。
（五）财政审计处
承担对本级财政预算执行情况及预算外资金的管理和使用情况的审计；承担对市政府有关部门及其直属单位进行财务收支的审计；承担对下一级政府和市政府派出机构预算的执行情况和决算以及预算外资金管理使用情况的审计；对与财政收支有关的特定事项进行专项审计或审计调查；承担全局财政审计工作的指导与协调；承办相关经济责任审计。
（六）金融审计处
承担对市属国有金融机构（含非银行金融机构和有国有资产的金融组织）财务收支及资产、负债、损益的审计；根据市政府委托对地方其他金融机构的财务收支及资产、负债、损益进行审计；根据审计署授权对在渝中央金融机构的财务收支及资产、负债、损益进行审计；开展对市级财政收支中与金融方面有关的特定事项的专项审计或审计调查；承办相关经济责任审计。
（七）固定资产投资审计处
承担社会事业类、科技类、工业及产业结构调整类投资项目年度审计计划草案和三年期审计计划草案的制定；组织对市级国家建设项目、审计署授权审计的中央建设项目预算执行情况和决算的审计监督；开展对国家财政收支中与固定资产投资有关的特定事项的专项审计或审计调查；负责汇总三年期投资审计滚动计划草案和年度投资审计计划草案，承担全局投资审计工作的指导与协调。
（八）行政事业审计处
承担与本级财政有拨缴款关系的市人大机关、市政协机关、司法机关和政党组织、社会团体的财政财务收支审计；承担市政府有关部门及其所属单位预算内外的财政财务收支审计；承办市级财政收支中与行政事业方面有关的特定事项的专项审计或审计调查；承办相关经济责任审计。
（九）经贸审计处
承担对市属有关国有和国有控股企业的资产、负债、损益进行审计；承办审计署授权的审计事项；开展专项审计和审计调查；承办相关经济责任审计。
（十）农业审计处
承担对市政府有关部门及所属单位的财政财务收支审计;承办对由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的农业、林业、农业综合开发、扶贫开发等资金进行审计或审计调查；承办相关经济责任审计。
（十一）社会保障审计处
承担对市政府有关部门及其下属单位的财政财务收支进行审计；承办对由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的各类社会保障资金以及各项社会捐赠资金的管理使用情况进行审计；组织对下一级人民政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况进行审计；开展专项审计和审计调查；承办相关经济责任审计。
（十二）外资运用审计处
根据审计署授权，组织审计国际组织、国际金融机构、外国政府及其机构向我市政府及其部门、企事业、社会团体单位提供的贷款、援助项目的财务收支；承办我市利用外资情况的审计或专项审计调查。
（十三）工业审计处
承担对市政府有关部门及其所属单位的财政财务收支的审计；承办对相关市属国有及国有控股企业资产、负债、损益的审计；承办本处审计管辖范围内的经济责任审计；开展三峡库区水污染防治资金管理使用情况的审计；承办相关经济责任审计。
（十四）市政建设审计处
承担对市政府有关部门及所属单位财政财务收支的审计；承担城市基础设施类投资项目年度审计计划草案和三年期审计计划草案的拟定；承办对建设系统市属国有建筑、安装、房地产开发企业资产、负债、损益的审计;组织对全市建设系统国有及国有控股的建筑、安装、房地产开发企业的审计;承办对全市建设系统行业管理中与财政收支有关的特定事项进行专项审计或审计调查;承办相关经济责任审计。
（十五）教科文审计处
承担对市政府有关部门及其所属单位的财政财务收支及资产、负债、损益的审计;承办对市政府有关部门管理的与财政收支有关的特定事项进行专项审计或审计调查；承办相关经济责任审计。
（十六）商贸审计处
承担对市政府有关部门及其所属单位的财政财务收支的审计；承办对相关市属国有及国有控股企业资产、负债、损益的审计；承办审计署授权的审计事项；承办相关经济责任审计。
（十七）资源环保审计处
承担对市政府有关部门及其所属单位的财政财务收支审计；承办对市政府主管部门管理的水利、国土与矿产等资源、环保资金的审计监督；承办对国家财政收支中与水利、国土与矿产等资源、环保方面有关的特定事项进行专项审计或审计调查；承办审计署授权的审计事项；承办相关经济责任审计。
（十八）交通审计处
承担对市政府有关部门及其所属企事业单位财政财务收支及资产、负债、损益的审计;承担交通类投资项目年度审计计划草案和三年期审计计划草案的拟定；承办对我市交通行业国有及国有控股企业的审计；对全市交通行业与财政收支有关的特定事项进行专项审计或审计调查；承办相关经济责任审计。
（十九）移民审计处
承担对市政府有关部门及所属单位的财政财务收支的审计；承办对因水利建设等形成的移民生产、生活安置等资金的审计监督；组织我市三峡移民资金及三峡移民后期扶持资金的审计工作；承办对三峡库区地质灾害防治资金管理使用情况的审计；承办审计署授权的审计事项；承办相关经济责任审计。
（二十）内部审计管理处
承担全市内部审计工作的业务指导与监督；承办全市审计科学研究和学术交流。
（二十一）计算机应用管理处
承担审计信息系统开发应用工作，组织实施我市“金审工程”，管理与维护审计网站及本局计算机设备，承担本局计算机设备，承担本局计算机审计的技术支持和培训等工作。
（二十二）人事处
承担本局及所属单位的干部人事、机构编制、教育培训、审计专业技术职称考评等工作；承办协管区县（自治县）审计机关负责人有关工作。
机关党委负责机关和所属单位的党群工作。
离退休人员工作处负责机关离退休人员管理工作，指导所属单位的离退休人员工作。
