一、承担主体不同
1、五险一金
养老保险、医疗保险和失业保险，这三种险和住房公积金是由企业和个人共同缴纳的保费，工伤保险和生育保险完全是由企业承担的，个人不需要缴纳。医疗保险则是由国家、企业和个人共同承担的。
2、农村合作医疗
采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
二、包含项目不同
1、五险一金
指用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，及住房公积金。530*363
2、农村合作医疗
国家针对农民实施的一项医疗保障制度，不包含其他保险类的制度。
三、实施方式不同
1、五险一金
其中的社会保险是国家通过立法强制实行的，需要用人单位和个人强制缴纳所需部分。
2、农村合作医疗
指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
扩展资料：
2013年9月11日，国家卫生和计划生育委员会下发《关于做好2013年新型农村合作医疗工作的通知》：
自2013年起，各级财政对新农合的补助标准从每人每年240元提高到每人每年280元。政策范围内住院费用报销比例提高到75%左右，并全面推开儿童白血病、先天性心脏病、结肠癌、直肠癌等20个病种的重大疾病保障试点工作 。
2014年5月27日据财政部网站消息，财政部、国家卫生计生委、人力资源社会保障部4月25日发布《关于提高2014年新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险筹资标准的通知》，2014年新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险筹资方法为：
1、各级财政对新农合和居民医保人均补助标准在2013年的基础上提高40元，达到320元。其中：中央财政对原有120元的补助标准不变，对200元部分按照西部地区80%和中部地区60%的比例安排补助，对东部地区各省份分别按一定比例补助。
2、农民和城镇居民个人缴费标准在2013年的基础上提高20元，全国平均个人缴费标准达到每人每年90元左右。个人缴费应在参保（合）时按年度一次性缴清。
参考资料：百度百科-五险一金
参考资料：百度百科-农村合作医疗
新农合、农村医保和居民医保有什么区别
1、缴纳费用不同：农村医保缴纳的费用一年几百元，而社保缴纳费用一年几千甚至上万，相比之下农村医保的费用低很多；
2、包含项目不同：农村医保只包含了医保，但是社保除了包含医保还包括养老、失业、工伤和生育保险；
3、缴费方式不同：农村医保是由参保人负担全部费用，而社保是由职工和公司一起承担费用的。
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1.范围不同
五险： 养老、工伤、医疗、失业和生育保险。一金，就是住房公积金。
农村合作医疗只有医疗内容。
2.对象不同
五险一金通常人单位给予劳动者保障性待遇。
农村合作医疗通常针对农民或农村户口人员。
3.性质不同
社保属于强制性实施的，用人单位和劳动者建立劳动关系，必须购买社保；
农村合作医疗属于自愿参加。 五险一金 是指用人单位给予劳动者的几种保障性待遇的合称，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，还有住房公积金。 “五险”指的是五种保险，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险；“一金”指的是住房公积金。其中养老保险、医疗保险和失业保险，这三种险和住房公积金是由企业和个人共同缴纳的保费，工伤保险和生育保险完全是由企业承担的，个人不需要缴纳。缴纳社会保险是国家强制性的要求，不是想缴不想缴的事情，请注意，国家文件里的都写得是缴纳，缴纳带有强制性的意思，和交纳含义是不一样的，如果不缴纳，会受到相应的处罚。关于公积金，是根据企业效益而定，如果效益不好，可以自己确定比例，不属于社会保险范畴。 农村合作医疗
是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
农村合作医疗和社保的区别：
1、农村的社保主要就是养老保险和农村合作医疗保险。 农村合作医疗是每年一次性固定缴纳几十块钱。养老保险缴费基数不一样，农村的养老缴费基数是根据全国或者居民所在省市当前农民的人均收入水平定的，城市的缴费基数是根据城市人均工资收入水平定的，随着收入水平的提高，缴费基数也会有所提高。
2、城镇职工基本养老保险是国家法律法规规定强制实施的，是雇主、用人单位包括劳动者个人都必须按照规定缴费的；而新农保强调的是自愿原则，是农民自愿参加的，这也是根据农村现阶段实际，由政府加以引导，但是不搞强迫命令。
3、城镇社保是个人和单位共同承担缴纳，按月固定缴纳，而目前的农村社保主要是个人缴纳，缴费周期也不同；因为农村的居民的收入是不稳定的，可以按月缴纳，季度缴纳，半年期缴纳等。城镇社会保险主要是社会养老保险和基本医疗保险。
4、城镇居民社会养老保险：城镇居民社会养老保险是覆盖城镇户籍非从业人员的养老保险制度，这项制度和城镇职工养老保险体系；新型农村社会养老保险制度共同构成我国社会养老保险体系。
参考资料：百度百科-社保
参考资料：百度百科-农村合作医疗