首先，我们依赖于相似相溶原理，即极性分子倾向于与极性分子相互溶解，而非极性分子则倾向于与非极性分子结合。这就是为什么极性有机物如醇、羧酸和胺类通常易于在有机溶剂中溶解，而烃、卤代烃、酮和酯这些非极性有机物则较少与水相溶，它们在水与有机溶剂之间形成明显的分层，密度较大的物质通常沉在下层。
其次，氢键的形成对溶解度有显著影响。当有机物中的分子能够与水分子形成氢键时，它们往往具有良好的水溶性。例如，乙醇和醇类分子由于其亲水基团，能够与水形成氢键，使得它们在水中的溶解度显著提高。然而，这种溶解度随着分子结构复杂度的增加而逐渐减弱，如1-丁醇在水中的溶解度就比甲醇和乙醇低。
再者，官能团的数量和性质也起着决定性作用。含有多个能与水形成氢键的官能团，如乙二醇和丙三醇，其水溶性显著增强。相比之下，芳香化合物如苯酚和苯胺，尽管一般不溶于水，但特定条件下，如苯甲醇和苯甲醛，它们可能在水中溶解度较高。
最后，我们不能忽视的是，像乙醇这样的多功能溶剂，其独特的性质使它既能轻易地溶于水，又能与有机溶剂融合，这在提取药材中的化学成分时尤为关键。而蛋白质这类有机物，尽管氨基酸普遍具有水溶性，但蛋白质本身通常更偏爱有机溶剂。