植物神经紊乱通常无法治愈，病因治疗为关键。治疗潜在疾病、管理特定症状是该病的治疗原则。原发性病因以支持性治疗为主，继发性病因则以治疗原发病为主，如糖尿病患者以控制血糖为主。治疗的原则是对症治疗，如对抗低血压，缓解头晕、腹胀，改善尿失禁、尿潴留等。具体管理措施举例如下：
药物治疗
低血压：改善生活方式，可以适当高盐饮食；或锻炼腿部肌肉力量，有助于防止血液在站立时聚积于下肢；起床前快速饮水 500 毫升，可以在 5 分钟内有效升高血压，或者穿戴弹力袜，改善直立性低血压。必要时可遵医嘱服用升压药物。
消化系统：改善饮食习惯，少食多餐，药物促进胃肠动力或缓解腹胀或便秘，但用药过程中需遵医嘱调整剂量和疗程。
泌尿系统：重新训练膀胱，按计划饮水并排尿，锻炼以增加膀胱容量；导尿或者用药辅助排空膀胱。
生殖系统：药物促进及维持勃起，女性可使用阴道润滑剂或利用药物调整月经周期。
心血管系统：心悸患者可小剂量服用 β 受体阻滞剂，适当增加有氧活动。
出汗过多：使用抑制汗腺分泌的药物或手术进行部分汗腺神经的阻断。
疾病发展和转归
植物神经紊乱患者有反复求医就诊的诉求，通常不会有严重的病症，但往往影响患者及家庭生活。
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