影响组织设计的因素有如下五个：环境、战略、技术、组织规模和组织生命周期。
1．环境
环境不仅是企业制定战略需要考虑的首要因素，也是影响组织设计的重要因素。在通常情况下，置身于稳定的环境中，机械式组织对企业的发展比较有利；而在不确定的环境中，有机式组织由于具备灵活性的特点，则更匹配企业的战略发展目标。
2．战略
战略是组织面对激烈变化、严峻挑战的外部环境，在充分利用自身优势、规避劣势的基础上，为求得长期生存与发展而采取的一种竞争与变革行为。
3．技术
技术对组织结构的影响也是毋庸置疑的，管理学家琼·伍德沃德认为，成功企业是那些能根据技术的要求而采取合适的结构安排的企业。她认为组织结构特征与技术类型存在着如下关系。
4．组织规模
组织的规模对组织结构有明显的影响作用，相较于小型组织，大型组织的组织结构专业化程度更高，横向及纵向的分化也更繁复，规则条例也更多。
5．组织生命周期
哈佛商学院教授拉里·克黎那认为，企业随着其成长与所经历的时间的演变，依次进入五个阶段：初创时期、成长阶段、规范阶段、扩张阶段和创新阶段。
因此，管理者在设计组织结构时，首先应明确和界定企业处于哪个发展阶段，存在着何种危机，进而建立相应的组织结构，不断突破发展的瓶颈。
组织结构设计的原则
1．结构与目标相一致性原则
企业所设计的组织结构必须以实现组织的目标为根本原则。组织的存在是以实现一定的目标为目的的，组织及其每一部分都应该与组织目标相联系，组织结构的设计与调整都应以是否有利于实现组织目标为衡量标准。
因此，企业在进行组织设计时，应该以工作为中心设计职务，从而建立机构、配备相关人员。
2．管理幅度与组织层级互动原则
组织层级取决于组织规模和管理幅度，组织层级与组织规模成反比，在组织规模确定的条件下，组织层级与管理幅度成反比。也就是说，每个管理者直接管辖的下属越多，组织层级就越少。
3．权责对等原则
职权是把组织紧密结合起来的黏合剂，职责是对权力运用的制约，权责对等是组织正常运行的基本保障——有权无责容易产生盲目指挥的后果，有责无权会严重挫伤企业员工的积极性。
4．集权与分权相结合的原则
集权是企业组织生产经营管理权限较多地集中在组织最高层管理者手中，分权则是一种组织的权力分散状态，最高层管理者通过有系统的授权将职权分散开来。职权有三种形式：直线职权、参谋职权和职能职权。
5．合理划分部门原则
合理划分部门也就是所谓的部门化，即指将组织中的活动按照一定的逻辑进行安排，划分为若干个管理单位的活动过程。
6．统一指挥原则
统一指挥原则建立在明确的权力系统之上，其基本目的和根本要求是为了保证政令的畅通和效率的提高。为了实现这一原则，组织应注意保持信息通道的畅通，避免出现多头领导和越级指挥的现象。