湖口县审计局内部设有多个专门的职能股（室），以确保其职责的有效执行。以下是各个部门的主要职能:
1. 综合办公室: 主要负责编制年度审计计划和内审工作计划，对全县内审机构进行业务指导。同时，它还负责制定并监督执行局机关的规章制度，包括人事、编制、财务、后勤服务以及会议记录、文书档案管理等综合管理工作。这些工作旨在确保机关的顺畅运行。
2. 行政事业审计股: 该股负责完成县财政预算执行情况审计，包括国有金融机构、信用社等非金融机构的财务审计，以及行政、事业单位的财务收支审计。此外，它还承担上级授权的非县属企业及县属工交企业的审计调查，以及股份制企业和民营企业的审计调查工作。
3. 固定资产投资审计股: 通过对工程量和造价的审核，审计股重点关注决策失误、管理漏洞和成本浪费问题，特别是违规征地、拖欠工程款等涉及公众利益的情况。通过审计，他们旨在促进科学决策和提高投资经济效益和社会效益。
4. 经济责任审计办公室: 这个办公室负责对县政府各部门、县直单位、乡镇企业、国有企业和集体企业的主要领导干部进行任期经济责任审计，以确保公共资金的合理使用和领导责任的履行。
最后，县审计局还设有工会，按照相关章程运行，以维护员工权益和促进内部和谐。