明清两代，宫廷建筑所需的各种石料，和砖瓦一样例由工部委官开采，于房山大石窝采汉白玉、青白石；于马鞍山采青砂石、紫石；于白虎涧、鲇鱼口采豆渣石；后来又在牛栏山和石景山开采青砂石；于江苏省徐、淮地区开采花斑石。房山所采汉白玉石洁白如玉，专供宫廷、陵寝、坛庙阶砌栏楯之用，柔和而易琢，镂为龙凤芝草之形，具有极高的装饰效果，如北京故宫三大殿，天坛祈年殿、圜丘坛的汉白玉须弥座、栏干就是很珍贵的范例，花斑石由于石纹斑斓美丽，多用于宫殿和苑囿作铺地材料。此外，还有虎皮石，苑囿中多用以垒砌围墙和房屋的台基，既经济又美观，所有这些都充分体现了古代匠师在因材施用方面的卓越成就。
在使用木材方面，明代的统治阶级非常奢侈，兴建重大建筑工程都要从四川、湖广、江西、浙江等地采办楠木、樟木、柏木、檀木、花梨木及桅木、杉木；从山西、河北等地采办松木、柏木、椴木、榆木和槐木等大量木材，以应工需。宫殿、陵寝和坛庙等高级建筑用楠木制作梁、柱和门窗装修；用柏木(或楠木、樟木)制作斗栱；用杉木制作檩条、圆椽和望板；用樟木制作飞檐椽，翘椽，山花、博缝和雀替；用松木制作连檐、瓦口；用柏木、榆木制作地丁和桥桩；用桐皮槁做鹰架木等等。