主要区别就是城市里村一级的行政单位叫社区，在农村还是叫村（行政村）的
细点的来说区别就是：
由于城市与农村在制度变迁中的次序和城乡社会结构不同，城市社区与农村村民自治在制度变迁的路径和特点方面又有不同之处：
第一，
由于农村经济改革率先从分散落后的农村地方开始，使农村村民自治一开始具有较强的自发性，村民自治的特点较为突出。城市社区自治则具有很强的规划性，主要是政府有意识地推进社区建设过程中产生的，社区自治只是蕴含在社区建设之中，其特性尚没有充分显现出来。
第二，
农村村民委员会作为农村的主要组织，对原有
人民公社组织具有很强的替代性。而城市社区建设中建立的
社区居民委员会更强调社区基础，没有也不可能全面取代原有的城市组织，它主要是为城市治理提供了一个崭新的制度平台。
第三，
在农村村民自治活动中，自治主体基本上都是自然人。而在城市，除了作为自然人的居民外，还大量存在各种单位和组织。因此，在城市社区自治的制度平台上，法人团体也是自治活动中的重要角色，只是其地位及作用与自然人有所不同而已。
第四，
农村村民自治建立在土地等
生产资料集体共有基础上，村民一出生就是村庄的当然成员，自动享受自治权利。而城市社区没有共同的
经济基础所维系，社区成员的界定较为困难，其流动性较强。在某一社区出生，之后并不一定就是该社区成员。不在某一社区出生，但也可能成为该社区成员，并享受社区自治权利。
第五，
农村的村民委员会具有一定的经济管理职能，自治活动的内容不仅有公共社会事务，还包括经济事务。在城市，经济事务主要由各种企业所承担，社区自治组织一般不承担管理经济事务的职能，自治活动的内容主要是非经济的社会发展方面。因此，社区自治与社区建设密切相关，自治与民主紧密相连。民主以平等的个人权利为基础。平等的个人权利又来自于平等的财产支配权。
在中国农村，土地等主要生产资料为集体所有，作为集体一员的农民既是劳动者，同时处于经济主权者地位。正因为如此，人民公社制将不同层级的管理权力赋予社员代表大会和社员大会，从而蕴含着一定的民主自治因素。但政社合一的行政统合和支配使这种民主自治实现的空间十分有限。只是随着农村“分田到户”的经济改革和“政社分开”的政治改革，才为民主自治提供了广阔的制度空间。
公社制废除后的村民自治组织具有很强的替代性。村民委员会替代的是原生产大队管理委员会，村民小组替代的是原生产队，相当多数的村民在很长时间内还习惯于称村委会为大队，称村民小组为生产队。但是，村民委员会组织毕竟与原公社组织有着根本的不同。最主要的是由于“分田到户”后，它不再直接组织生产；由于“政社分开”后，它不再直接行使政权职能。其主要功能是在一家一户自主生产经营基础上从事公共事务管理和发展公共事业。村庄公共事务和公益事业直接关系到村民的切身利益，如承包经营权的获取、税费的收取、村集体经济收益的分配、村办学校、村建道路等公益事业的兴办及经费的筹集、村干部的工作补贴及村集体的公共财务等。这就使得村庄公共事务和公益事业必须依靠村民的广泛参与，村民处于主权者地位。因此，村民委员会一开始就是根据民主自治原则加以建构的。1998年修订通过的《中华人民共和国村民委员会组织法》第2条明确规定：“村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督。”同时，法律还规定了村民委员会要按照便于群众自治的原则设立，村民委员会向村民会议负责并报告工作，村的重要事项必须经由村民会议讨论决定。由此可见，农村村民自治的组织体系建构在形式上源自于公社组织，但与公社组织的性质又有着根本性的不同，主要表现为村民的主权者地位得以通过相应的形式加以表现。为保障这一主权者地位，在村民委员会的运作中创立了民主选举、民主决策、民主管理、民主监督的机制。民主选举指村民委员会成员必须经由村民直接选举产生，民主决策指村庄重要事项必须经由村民会议或村民代表会议讨论决定。民主管理指村务管理必须遵循村民共同制定的村民自治章程等制度，并广泛听取村民意见。民主监督指村民委员会的工作必须接受村民的直接监督，实行村务公开。因此，从制度创设看，农村村民自治强调村民参与，具有较强的民间性、平等性色彩。
与农村村民自治不同，城市社区自治是在社区这一新的制度平台上形成的。尽管社区自治的主体是居民，但更突出其社区地域性。特别是社区建设中的社区自治具有很强的政府规划性。在社区建设的初期，政府部门自觉不自觉地按政府模式建构社区组织，从而使社区组织具有较强的行政化色彩。如在社区建设之中，一些地方按照地方行政组织的模式成立社区管理委员会，社区负责人被称之为“小巷总理”；按照地方人大的模式建立社区成员代表大会而未建立社区成员大会制度，前者被称之为“小人大”；按照地方政协的模式建立社区协商议事会。如加上社区党组织，社区与国家系统一样，也建立了所谓“
四大班子”领导机构。
行政化的社区组织在运作机制方面具有较强的精英化色彩和代议性民主的特点，社区成员的广泛直接参与严重不足。如在中央两办23号文件下达之前，社区居民委员会的选举基本上都是实行社区成员代表大会间接选举，社区干部实行招聘、考试与选举相结合，社区事务的决策主要由社区居民委员会作出，很少经过社区成员代表大会讨论，更没有召开过社区成员会议。
出于我国的传统国情和由政府主导的改革和社会转型，在社区建设之初，政府的主要目的是通过行政力量迅速建构城市基层组织，社区组织的行政性较为突出。但是，社区毕竟不是一级政府，社区建设如果没有社区成员的广泛参与，也难以获得持久的动力。随着社区建设的扩展，一些地方开始按照民主自治的导向建构社区组织，并得到中央政府的认可。中央两办23号文件将扩大民主、居民自治作为社区建设的基本原则之一。规定要按照便于社区居民自治的原则设立社区，社区居民委员会属于社区居民群众自治性组织。在社区内实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督，逐步实现社区居民自我管理、自我教育、自我服务、自我监督。中央两办文件下达之后，为地方的大胆探索提供了更为广阔的制度空间。特别是一些地方运用农村直接民主的经验建立新的社区组织。如在浙江、江苏、上海中小城市社区建设中，新建立的社区自治组织实行社区成员直接选举，通过“门栋自治”、居民论坛、居务公开等方式为居民直接参与社区事务管理提供更多的制度化渠道。许多地方不再是按照国家系统，而是根据社区自治的原则建立社区组织，如更强调社区成员会议的地位与作用。特别是在一些
市场经济较发达的城市，非常重视社区中介组织的培育，使社区自治更能体现自下而上的特点。