定都天京后，领导集团内的矛盾日益尖锐。天王洪秀全是太平天国最高领袖，着意加强王权，要集大权于一身；东王杨秀清总理天国国务，往往利用天父降托特权挟制洪秀全，想夺取最高领导地位。同时，杨秀清个人权威思想恶性发展，对韦昌辉、石达开、陈承镕等起义首领也遍加打击。在太平军攻破向荣的江南大营后，杨秀清以为外患已除，逼洪秀全承认他称“万岁”。9月，洪秀全下诏诛杨秀清。韦昌辉乘机扩大事变，大肆屠杀。石达开起兵讨韦。在平定韦昌辉之乱后，全朝推举石达开承接军师杨秀清职权。但洪秀全猜忌石达开，把石达开逼走。石达开带走大批精兵良将，脱离洪秀全，走上了分裂道路。从杨秀清被杀到石达开出走，前后经历半年多，太平天国大批将士被杀和脱离天京，初期的领导核心中只剩下洪秀全一人留在天京，实力大受损伤，政治上、理论上都受到严重打击。