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番茄畸形果从狭义上讲，只包括变形果、瘤形果、开裂果、歪果、凹顶果、窗缝果等；从广义上说，还包括网纹果、空洞果、小豆果等生长不正常的果实。
（1）畸形果。其形成主要是在花芽分化期间长期处于低温时，氮肥多、水分光照充足、在生长点的营养状况较好，则易使正常生长的花芽养分过剩，细胞分裂活跃，心皮生成数目过多，发育成花柱扁形的多心室畸形果，第1花序的第1、2朵花常发生。防治方法：要加强苗期管理，特别是花芽分化期要防止连续低温，和昼夜温差过大，另外，不在花芽分化时移苗。防止偏施氮肥，增施磷钾肥，使花芽、花器分化时得到各种营养物质。
使用植物生长激素时浓度要合适，不对未开花的花朵喷药，并要加强肥水管理，保证果实发育的需要。苗期夜温不能太低。
（2）瘤形果。是在形成花芽时，低温引起心皮不能正常结合，子房发育初期，在其基部有“独立”的心皮生长凸出来。防治方法：花芽分化时要防止低温，正确使用生长激素。
（3）开裂果。是追肥灌水较多，茎叶生长过旺所致，畸形花的花柱开裂也能也能形成开裂果。防治方法：不要追肥灌水过量，防止畸形花的发生。
（4）窗缝果。是由苗期低温，幼苗长势过旺，高温时花芽发育缺钙等原因造成的。低温养分消耗少，花芽营养过剩，促进了花器的分化，当异常增加的雄蕊嵌在子房里面，形成了各种不同程度的横裂型果实。一般在有2片真叶时，处于花芽分化初期，此时低温影响大，遇6℃低温3天就能使窗缝果数增加。预防方法：防止低温，控制适中的长势，注意施用钙肥。
（5）网纹果。其发病机制尚不清楚，当土壤条件不好，土壤溶液浓度过高或肥力极差时易发生。高温干旱、土壤水分不足也易发生。防治方法：培育根系发达的秧苗，育苗天数不要过长，保持长势旺盛，既不要缺肥又不要使土壤溶液浓度过高，保持土壤湿润而不要过于干燥。
（6）空洞果。产生的原因有受精不良，种子退化，胎座组织生长不充足，或氮肥太多，生长调节剂浓度过大，或施用时花蕾过小，或长期高温、日照少、碳水化合物积累少。夏季32℃以上高温，花粉粒在柱头上发芽，花粉管伸长受阻，无法正常受精导致只有果壁发育而胎座发育不良。防治方法：增施有机肥，氮磷钾肥料配合使用，加强后期管理，正确使用生长激素并在处理后加强肥水管理，用振动器帮助授粉，避免高温。
（7）小豆果。是番茄蕾期或开花期，温度过高或过低，日照差，营养不足使花器发育停滞，不能正常授粉和受精，或果实膨大初期水肥供应不足所致。或者本来要落的花，经生长激素处理抑制了离层的发生，勉强坐住的果实，得到光合产物少，形成极小的果实。防治方法：防止低温或高温，增加光照，人工辅助授粉和加强肥水管理。