重庆出发和宜昌出发各有优劣，需要根据不同游客的行程天数和沿途景点来选择。
重庆到宜昌是顺水而下，时间2—4天，宜昌到重庆逆流而上，时间3—5天。从行程天数来说，下水比上水快一点，赶时间的可以选择下水，时间多的可以选择上水，其中豪华游轮都是4—5天时间，普通游船2—3天时间，游客可以根据自己的行程天数来选择，重庆出发好，还是宜昌出发好。
长江三峡沿途的两岸景点，上下水包含的景点没啥区别，一般来说，三峡豪华游轮上水会多停靠一个自费景点【三峡人家】，不管是上下水，都是包含3个景点门票，只是不同的游轮包含的景点，有所区别。
长江三峡生物资源
三峡库区资源植物类别齐全，种类繁多，约4500多种。其中药用植物3500多种，食用植物610种，油脂植物566种，观赏植物500多种，纤维织物250多种，用材树种300多种，防护林、绿肥植物136种，染料植物50多种，橡胶植物41种，其他用途（如芳香油、栲胶、果类、树脂树胶、色素等）植物480种。
对库区古树的跟踪监测结果表明，古树的总体状况基本稳定。仅发现巴东县铁厂荒林场的一株巴山松（高33.5米，胸径1.6米），因雷击、虫害濒临死亡，重庆市北碚区歇马镇大磨滩河边有1株百年以上的黄桷树，因周围环境污染，濒临死亡。
库区珍稀植物篦子三尖杉、福建柏、银杉、金钱松、黄杉、穗花杉、巴山榧等19种保护状况良好。在兴山县龙门河林场发现了已绝迹近百年的国家二级珍稀濒危树种小勾儿茶。在巫山县五里坡林场发现野生珍稀植物红豆杉群落的新分布点。
以上内容参考：百度百科-长江三峡
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