生物安全柜等级划分为生物安全一级（BSL-1）、生物安全二级（BSL-2）、生物安全三级（BSL-3）、生物安全四级（BSL-4）。
1、生物安全一级（BSL-1）：适合用于非常熟悉的病源，该病源不会经常引发健康成人疾病，对实验人员和环境潜在危险小，实验室没有必要和建筑物中的一般行走区分开，一般按照标准的分级生物操作在开放的实验室台面上开展工作。
不要求一般也不使用特殊的抑制设备和设施（生物安全柜）。
2、生物安全二级（BSL-2）：适合于对人和环境有中度潜在危险的病源。与BSL-1的区别在于：实验人员均应接受过病源处理方面的特殊培训，并由有资格的工作者指导；进行实验时限制进入实验室。
对于污染的锐器应特别注意；某些可能产生传染性气溶胶或飞溅物的过程应在生物安全柜中或其他物力抑制设备中进行，可选用Ⅰ、Ⅱ级生物安全柜。
3、生物安全三级（BSL-3）：应用于临床、诊断、教学、研究或者生产设施，在该级别中开展有关内源性和外源性病原的工作。若因暴露而吸入该病原会引发严重的可能致死的疾病。实验人员应在处理致病性的可能使人致死的病原方面受过专业训练。
并由对该病原工作有经验的有资格的科学工作者监督。所有与传染源操作有关的步骤都在生物安全柜或其他物理抑制装置中进行，最好选用二级或二级以上生物安全柜，实验室需要特殊设计和施工，室内为负压。
4、生物安全四级（BSL-4）：应用于对生命有高度危险的危险性病原或外源性病原。可通过气溶胶而致实验室感染或未知传染风险，且引起致命的有关病原，应选用三级生物安全柜及正压防护服，如SARS病毒对人或环境具有中度潜在危险。
对携带该病毒的患者样本处理均应在生物安全二级（BSL-2）或二级以上实验室中进行，为了对操作人员和环境及样品均提供有效的保护，实验室应选用二级以上或全排风式生物安全柜（B2型）。